Tại Luật số 31/2013/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều về thuế GTGT quy định như sau:

“6. Điều 12 được sửa đổi, bổ sung như sau:

“Điều 12. Khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào

1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào như sau:

a) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng được khấu trừ toàn bộ, kể cả thuế giá trị gia tăng đầu vào không được bồi thường của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng bị tổn thất;

...

2. Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào được quy định như sau:

a) Có hóa đơn giá trị gia tăng mua hàng hóa, dịch vụ hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu;

b) Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ hàng hóa, dịch vụ mua từng lần có giá trị dưới hai mươi triệu đồng;

c) Đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, ngoài các điều kiện quy định tại điểm a và điểm b khoản này còn phải có: hợp đồng ký kết với bên nước ngoài về việc bán, gia công hàng hóa, cung ứng dịch vụ; hóa đơn bán hàng hóa, dịch vụ; chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt; tờ khai hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu.

Việc thanh toán tiền hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu dưới hình thức thanh toán bù trừ giữa hàng hóa, địch vụ xuất khẩu với hàng hóa, dịch vụ nhập khẩu, trả nợ thay Nhà nước được coi là thanh toán không dùng tiền mặt.”

- Tại điểm đ Khoản 2 Điều 15 Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/01/2012 của Bộ Tài chính hướng dẫn về điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào như sau:

“d) Các trường hợp được coi là thanh toán qua ngân hàng để khấu trừ thuế GTGT đầu vào gồm:

d.1) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào theo phương thức thanh toán bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào với giá trị hàng hóa, dịch vụ bán ra, vay mượn hàng mà phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng thì phải có biên bản đối chiếu số liệu và xác nhận giữa hai bên về việc thanh toán bù trừ giữa hàng hóa, dịch vụ mua vào với hàng hóa, dịch vụ bán ra, vay mượn hàng. Trường hợp bù trừ công nợ qua bên thứ ba phải có biên bản bù trừ công nợ của ba (3) bên làm căn cứ khấu trừ thuế.

...”

- Tại điểm a Khoản 4 Điều 15 Thông tư số 219/2013/TT- BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào như sau:

“4. Các trường hợp thanh toán không dùng tiền mặt khác để khấu trừ thuế GTGT đầu vào gồm;

a) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào theo phương thức thanh toán bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào với giá trị hàng hóa, dịch vụ bán ra, vay mượn hàng mà phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng thì phải có biên bản đối chiếu số liệu và xác nhận giữa hai bên về việc thanh toán bù trừ giữa hàng hóa, dịch vụ mua vào với hàng hóa, dịch vụ bán ra, vay mượn hàng. Trường hợp bù trừ công nợ qua bên thứ ba phải có biên bản bù trừ công nợ của ba (3) bên làm căn cứ khấu trừ thuế.

...”

- Tại khoản 10 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Điều 15 (đã được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 và Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 của Bộ Tài chính) hướng dẫn về điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào như sau:

“...

1. Các trường hợp thanh toán không dùng tiền mặt khác để khấu trừ thuế GTGT đầu vào gồm:

a) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào theo phương thức thanh toán bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào với giá trị hàng hóa dịch vụ bán ra, vay mượn hàng mà phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng thì phải có biên bản đối chiếu số liệu và xác nhận giữa hai bên về việc thanh toán bù trừ giữa hàng hóa, dịch vụ mua vào với hàng hóa, dịch vụ bán ra, vay mượn hàng. Trường hợp bù trừ công nợ qua bên thứ ba phải có biên bản bù trừ công nợ của ba (3) bên làm căn cứ khấu trừ thuế.

...”