Nộp đủ lệ phí đăng ký doanh nghiệp theo quy định pháp luật về phí và lệ phí là một trong các điều kiện để được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp. Người thành lập doanh nghiệp hoặc doanh nghiệp phải nộp phí, lệ phí đăng ký doanh nghiệp tại thời điểm nộp hồ sơ đăng ký doanh nghiệp. Phí, lệ phí đăng ký doanh nghiệp có thể được nộp trực tiếp tại Phòng đăng ký kinh doanh (ĐKKD) hoặc chuyển vào tài khoản của Phòng ĐKKD hoặc sử dụng dịch vụ thanh toán điện tử. Phí, lệ phí đăng ký doanh nghiệp sẽ không được hoàn trả cho doanh nghiệp trong trường hợp doanh nghiệp không được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp.

Phương thức thanh toán phí, lệ phí qua mạng điện tử được hỗ trợ trên Cổng thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp. Phí sử dụng dịch vụ thanh toán điện tử không được tính trong phí, lệ phí đăng ký doanh nghiệp, phí cung cấp thông tin đăng ký doanh nghiệp và phí công bố nội dung đăng ký doanh nghiệp. Khi phát sinh lỗi giao dịch trong quá trình sử dụng dịch vụ thanh toán điện tử, tổ chức, cá nhân thanh toán phí, lệ phí qua mạng điện tử liên hệ với tổ chức trung gian cung cấp dịch vụ thanh toán điện tử để được giải quyết.

Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với Bộ Kế hoạch và Đầu tư hướng dẫn về mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và việc sử dụng phí, lệ phí đăng ký doanh nghiệp, đăng ký hộ kinh doanh, phí cung cấp thông tin đăng ký doanh nghiệp và phí công bố nội dung đăng ký doanh nghiệp đảm bảo bù đắp một phần chi phí cho hoạt động của cơ quan ĐKKD. Theo Biểu phí, lệ phí ban hành kèm Thông tư số 47/2019/TT-BTC ngày 05/08/2019 của Bộ Tài chính về việc quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí cung cấp thông tin doanh nghiệp, lệ phí đăng ký doanh nghiệp thì lệ phí đăng ký doanh nghiệp (bao gồm: cấp mới, cấp lại, thay đổi nội dung Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp và Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của doanh nghiệp) là 50.000 đồng/lần.