Công thức tính thuế thu nhập doanh nghiệp bạn nêu là công thức tính thuế áp dụng cho đại đa số các chủ thể nộp thuế thu nhập doanh nghiệp. Tuy nhiên, vẫn có ngoại lệ. Đó là căn cứ vào Khoản 5 Điều 3 Thông tư số 78/2014/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 218/2013/NĐ-CP của Chính phủ quy định và hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp có quy định như sau:

“5. Đơn vị sự nghiệp, tổ chức khác không phải là doanh nghiệp thành lập và hoạt động theo quy định của pháp luật Việt Nam, doanh nghiệp nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp trực tiếp có hoạt động kinh doanh hàng hóa, dịch vụ có thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp mà các đơn vị này xác định được doanh thu nhưng không xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động kinh doanh thì kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ, cụ thể như sau:

+ Đối với dịch vụ (bao gồm cả lãi tiền gửi, lãi tiền cho vay): 5%. Riêng hoạt động giáo dục, y tế, biểu diễn nghệ thuật: 2%.

+ Đối với kinh doanh hàng hóa: 1%.

+ Đối với hoạt động khác: 2%.

Ví dụ 3: Đơn vị sự nghiệp A có phát sinh hoạt động cho thuê nhà, doanh thu cho thuê nhà một (01) năm là 100 triệu đồng, đơn vị không xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động cho thuê nhà nêu trên do vậy đơn vị lựa chọn kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ như sau:

Số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp = 100.000.000 đồng x 5% = 5.000.000 đồng”.

Tuy nhiên, bạn cần lưu ý rằng đối với công ty áp dụng phương pháp kê khai thuế Giá trị gia tăng (GTGT) theo phương pháp trực tiếp (xác định số thuế GTGT phải nộp dựa trên doanh thu theo tỷ lệ % được quy định) không đương nhiên được áp dụng phương pháp tính thuế thu nhập doanh nghiệp theo phương pháp trực tiếp nêu trên. Muốn được áp dụng theo phương pháp trên, công ty phải làm công văn đề nghị được sử dụng cách tính thuế thu nhập doanh nghiệp theo phương pháp trực tiếp để nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo % trên doanh thu và gởi đến cơ quan quản lý thuế trực tiếp. Chỉ khi có công văn chấp nhận được áp dụng của cơ quan quản lý thuế trực tiếp thì công ty mới được áp dụng.

Tóm lại:

(1) Công ty kê khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ sẽ không được kê khai thuế và tính thu nhập doanh nghiệp theo phương pháp trực tiếp.

(2) Công ty kê khai thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp chưa hẳn được áp dụng phương pháp kê khai thuế thu nhập doanh nghiệp theo % trên doanh thu. Công ty chỉ được áp dụng phương pháp tính thuế trên khi có sự đồng ý bằng văn bản của cơ quan quản lý thuế trực tiếp.