Tại Điều 11 Luật xử lý vi phạm hành chính số 15/2012/QH13 ngày 20/06/2012 của Quốc hội quy định những trường hợp không xử phạt vi phạm hành chính
"Điều 11. Những trường hợp không xử phạt vi phạm hành chính:
Không xử phạt vi phạm hành chính đối với các trường hợp sau đây:
1. Thực hiện hành vi vi phạm hành chính trong tình thế cấp thiết;
2. Thực hiện hành vi vi phạm hành chính do phòng vệ chính đáng;
3. Thực hiện hành vi vi phạm hành chính do sự kiện bất ngờ;
4. Thực hiện hành vi vi phạm hành chính do sự kiện bất khả kháng;
5. Người thực hiện hành vi vi phạm hành chính không có năng lực trách nhiệm hành chính, người thực hiện hành vi vi phạm hành chính chưa đủ tuổi bị xử phạt vi phạm hành chính theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 5 của Luật này".
Tại khoản 1 Điều 161 Bộ Luật Dân sự số 33/2005/QH11 ngày 14/06/2005; khoản 1 Điều 156 Bộ Luật Dân sự số 91/2015/QH13 ngày 24/11/2015 của Quốc hội quy định:
“Sự kiện bất khả kháng là sự kiện xảy ra một cách khách quan không thể lường trước được và không thể khắc phục được mặc dù đã áp dụng mọi biện pháp cần thiết và khả năng cho phép”.
Tại Điều 10 Nghị định số 129/2013/NĐ-CP ngày 16/10/2013 củạ Chính phủ quy định về xử phạt đối với hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn:
“Điều 10. Xử phạt đối với hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn.
1. Các trường hợp khai sai dần đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, bao gồm:
a) Hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, tăng số thuế được miễn, giảm nhưng người nộp thuế đã ghi chép kịp thời, đầy đủ các nghiệp vụ kinh tế làm phát sinh nghĩa vụ thuế trên sổ kế toán, hóa đơn, chứng từ.
b) Hành vi khai sai của người nộp thuế làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, giảm không thuộc trường hợp quy định tại Điểm a Khoản 1 Điều này nhưng khi bị cơ quan có thẩm quyền phát hiện, người vi phạm đã tự giác nộp đủ số tiền thuế khai thiếu vào ngân sách nhà nước trước thời điểm cơ quan có thẩm quyền lập biên bản vi phạm hành chính thuế hoặc cơ quan thuế lập biên bản kiểm tra thuế, kết luận thanh tra thuế.
2. Mức xử phạt đối với các hành vi vi phạm quy định tại Khoản 1 Điều này là 20% tính trên số tiền thuế khai thiếu hoặc số tiền thuế đã được hoàn, số thuế được miễn, giảm cao hơn so với quy định của pháp luật thuế.
3. Cơ quan thuế xác định số tiền thuế thiếu, số ngày chậm nộp tiền thuế, tiền chậm nộp tiền thuế, số tiền phạt và ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính đối với người nộp thuế theo quy định.
4. Các trường hợp vi phạm quy định tại Khoản 1 Điều này ngoài việc bị xử phạt quy định tại Khoản 2 Điều này còn bị áp dụng biện pháp khắc phục hậu quả là nộp đủ số tiền thuế nợ, số tiền thuế thiếu, tiền thuế chậm nộp vào ngân sách nhà nước.
Tại Điều 4 Nghị định số 129/2013/NĐ-CP ngày 16/10/2013 của Chính phủ quy định những trường hợp không xử phạt vi phạm hành chính về thuế:
"Điều 4. Những trường hợp không xử phạt vi phạm hành chính về thuế
1. Các trường hợp theo quy định tại Điều 11 Luật xử lý vi phạm hành chính.
2. Trường hợp khai sai, người nộp thuế đã khai bổ sung hồ sơ khai thuế và đã nộp đủ số tiền thuế phải nộp trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế .
Tại Điều 5 Thông tư số 166/2013/TT-BTC ngày 15/11/2013 của Bộ Tài chính quy định những trường hợp không xử phạt vi phạm hành chính về thuế:
“Điều 5. Những trường hợp không xử phạt vi phạm hành chính về thuế
1. Các trường hợp theo quy định tại Điều 11 Luật xử lý vi phạm hành chính.
2. Trường hợp khai sai, người nộp thuế đã khai bổ sung hồ sơ khai thuế và đã nộp đủ số tiền thuế phải nộp, trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế hoặc trước thời điểm cơ quan thuế phát hiện không qua thanh tra, kiềm tra tại trụ sở người nộp thuế hoặc trước thời điểm cơ quan có thẩm quyền khác phát hiện".
Tại tiết b khoản 1 Điều 34 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ quy định về tính tiền chậm nộp tiền thuế:
“Điều 34. Tính tiền chậm nộp đối với việc chậm nộp tiền thuế
1. Các trường hợp phải nộp tiền chậm nộp tiền thuế
b) Người nộp thuế nộp thiếu tiền thuế do khai sai số thuế phải nộp, số thuế được miễn, số thuế được giảm, số thuế được hoàn của các kỳ kê khai trước”.
Căn cứ các quy định nêu trên, trường hợp Cục thuế thành phố qua thanh tra việc chấp hành pháp luật thuế tại Công ty xác định Công ty trích lập dự phòng 50% vốn lưu động ứng trước của phía nước ngoài cho hợp đồng hợp tác kinh doanh không đúng với hướng dẫn tại Thông tư số 228/2009/TT-BTC ngày 07/12/2009 và Thông tư số 89/TT-BTC ngày 28/6/2013 của Bộ Tài chính dẫn đến kê khai sai, tính thiếu tiền thuế TNDN phải nộp thì hành vi vi phạm hành chính của Công ty không thuộc những trường hợp không xử phạt vi phạm hành chính quy định tại các văn bán quy phạm pháp luật nêu trên nên không có căn cứ để không xử phạt vi phạm hành chính và không tính tiền chậm nộp.