Tại khoản 2 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào:

“2. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ (kể cả tài sản cố định) sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT thì chỉ được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ; trường hợp không hạch toán riêng được thì thuế đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra không hạch toán riêng được.

Cơ sở kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT hàng tháng tạm phân bổ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định mua vào được khấu trừ trong tháng, cuối năm cơ sở kinh doanh thực hiện tính phân bổ số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ của năm để kê khai điều chỉnh thuế GTGT đầu vào đã tạm phân bổ khấu trừ theo tháng.”

Tại khoản 9 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015 của Bộ Tài chính sửa đổi bổ sung khoản 2 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC như sau:

“2. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ (kể cả tài sản cố định) sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT thì chỉ được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ; trường hợp không hạch toán riêng được thì thuế đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu chịu thuế GTGT, doanh thu không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra bao gồm cả doanh thu không phải kê khai, tính nộp thuế không hạch toán riêng được.

Cơ sở kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT hàng tháng/quý tạm phân bổ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định mua vào được khấu trừ trong tháng/quý, cuối năm cơ sở kinh doanh thực hiện tính phân bổ số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ của năm để kê khai điều chỉnh thuế GTGT đầu vào đã tạm phân bổ khấu trừ theo tháng/quý.”

Căn cứ các quy định trên, trường hợp Công ty bạn vừa có hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT và không chịu thuế GTGT. Công ty không hạch toán riêng được thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ thì thực hiện phân bổ theo hướng dẫn tại khoản 2 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính và khoản 9 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015 của Bộ Tài chính.