Căn cứ vào Khoản 3 Điều 1 Nghị định số 14/2019/NĐ-CP ngày 01 tháng 02 năm 2019 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 108/2015/NĐ-CP ngày 28 tháng 10 năm 2015 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế tiêu thụ đặc biệt thì:

“Điều 7. Khấu trừ thuế

1. Người nộp thuế sản xuất hàng hóa thuộc đối tượng chịu thuế tiêu thụ đặc biệt bằng các nguyên liệu chịu thuế tiêu thụ đặc biệt được khấu trừ số thuế tiêu thụ đặc biệt đã nộp đối với nguyên liệu nhập khẩu (bao gồm cả số thuế tiêu thụ đặc biệt đã nộp theo Quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan, trừ trường hợp cơ quan hải quan xử phạt về gian lận, trốn thuế) hoặc đã trả đối với nguyên liệu mua trực tiếp từ cơ sở sản xuất trong nước khi xác định số thuế tiêu thụ đặc biệt phải nộp. Số thuế tiêu thụ đặc biệt được khấu trừ tương ứng với số thuế tiêu thụ đặc biệt của nguyên liệu đã sử dụng để sản xuất hàng hóa chịu thuế tiêu thụ đặc biệt bán ra.

Riêng đối với xăng sinh học: Số thuế tiêu thụ đặc biệt được khấu trừ của kỳ khai thuế được căn cứ vào số thuế tiêu thụ đặc biệt đã nộp hoặc đã trả trên một đơn vị nguyên liệu mua vào của kỳ khai thuế trước liền kề của xăng khoáng để sản xuất xăng sinh học.

Đối với các doanh nghiệp được phép sản xuất, pha chế xăng sinh học, việc kê khai nộp thuế, khấu trừ thuế tiêu thụ đặc biệt được thực hiện tại cơ quan thuế địa phương nơi doanh nghiệp đóng trụ sở chính. Số thuế tiêu thụ đặc biệt chưa được khấu trừ hết của xăng khoáng nguyên liệu dùng để sản xuất, pha chế xăng sinh học (bao gồm cả số thuế chưa được khấu trừ hết phát sinh kể từ kỳ khai thuế tháng 01 năm 2016) được bù trừ với số thuế tiêu thụ đặc biệt phải nộp của hàng hóa, dịch vụ khác phát sinh trong kỳ. Trường hợp sau khi bù trừ, còn số thuế tiêu thụ đặc biệt chưa được khấu trừ hết của xăng khoáng nguyên liệu dùng để sản xuất, pha chế xăng sinh học thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo hoặc hoàn trả.

Hồ sơ, trình tự, thẩm quyền giải quyết hoàn trả thuế tiêu thụ đặc biệt như sau:

- Cơ sở sản xuất, pha chế xăng sinh học lập giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước kiêm bù trừ với các khoản thuế phải nộp khác (nếu có) - Mẫu 01a/ĐNHT kèm theo Nghị định này.

- Cơ sở sản xuất, pha chế xăng sinh học gửi hồ sơ đề nghị hoàn trả số thuế tiêu thụ đặc biệt chưa được khấu trừ hết đến cơ quan thuế địa phương nơi doanh nghiệp đóng trụ sở chính để được giải quyết hoàn trả theo quy định.

- Trách nhiệm của cơ quan quản lý thuế trong việc giải quyết hồ sơ hoàn trả số thuế tiêu thụ đặc biệt theo quy định tại khoản này được thực hiện như quy định tại Điều 60 Luật Quản lý thuế và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và các văn bản sửa đổi, bổ sung (nếu có).

- Căn cứ Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước của Cơ quan thuế, Kho bạc nhà nước thực hiện chi hoàn trả thuế tiêu thụ đặc biệt của xăng khoáng nguyên liệu dùng để sản xuất, pha chế xăng sinh học. Nguồn hoàn trả thuế tiêu thụ đặc biệt được lấy từ số thu của ngân sách trung ương về thuế tiêu thụ đặc biệt.

2. Người nộp thuế tiêu thụ đặc biệt đối với hàng hóa chịu thuế tiêu thụ đặc biệt nhập khẩu được khấu trừ số thuế tiêu thụ đặc biệt đã nộp ở khâu nhập khẩu bao gồm cả số thuế tiêu thụ đặc biệt đã nộp theo Quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan, trừ trường hợp cơ quan hải quan xử phạt về gian lận, trốn thuế khi xác định số thuế tiêu thụ đặc biệt phải nộp bán ra trong nước. Số thuế tiêu thụ đặc biệt được khấu trừ tương ứng với số thuế tiêu thụ đặc biệt của hàng hóa nhập khẩu chịu thuế tiêu thụ đặc biệt bán ra và chỉ được khấu trừ tối đa bằng tương ứng số thuế tiêu thụ đặc biệt tính được ở khâu bán ra trong nước. Phần chênh lệch không được khấu trừ giữa số thuế tiêu thụ đặc biệt đã nộp ở khâu nhập khẩu với số thuế tiêu thụ đặc biệt bán ra trong nước, người nộp thuế được hạch toán vào chi phí để tính thuế thu nhập doanh nghiệp.

3. Điều kiện khấu trừ thuế tiêu thụ đặc biệt được quy định như sau:

a) Đối với trường hợp nhập khẩu nguyên liệu chịu thuế tiêu thụ đặc biệt để sản xuất hàng hóa chịu thuế tiêu thụ đặc biệt và trường hợp nhập khẩu hàng hóa chịu thuế tiêu thụ đặc biệt thì chứng từ để làm căn cứ khấu trừ thuế tiêu thụ đặc biệt là chứng từ nộp thuế tiêu thụ đặc biệt khâu nhập khẩu.

b) Đối với trường hợp mua nguyên liệu trực tiếp của nhà sản xuất trong nước:

- Hợp đồng mua bán hàng hóa, trong hợp đồng phải có nội dung thể hiện hàng hóa do cơ sở bán hàng trực tiếp sản xuất; bản sao Giấy chứng nhận kinh doanh của cơ sở bán hàng (có chữ ký, đóng dấu của cơ sở bán hàng).

- Chứng từ thanh toán qua ngân hàng.

- Chứng từ để làm căn cứ khấu trừ thuế tiêu thụ đặc biệt là hóa đơn giá trị gia tăng khi mua hàng. Số thuế tiêu thụ đặc biệt mà đơn vị mua hàng đã trả khi mua nguyên liệu được xác định = giá tính thuế tiêu thụ đặc biệt nhân (x) thuế suất thuế tiêu thụ đặc biệt; trong đó:

Việc khấu trừ tiền thuế tiêu thụ đặc biệt được thực hiện khi kê khai thuế tiêu thụ đặc biệt và số thuế tiêu thụ đặc biệt phải nộp được xác định theo công thức sau:

Trường hợp chưa xác định được chính xác số thuế tiêu thụ đặc biệt đã nộp (hoặc đã trả) cho số nguyên vật liệu tương ứng với số sản phẩm tiêu thụ trong kỳ thì có thể căn cứ vào số liệu của kỳ trước để tính số thuế tiêu thụ đặc biệt được khấu trừ và sẽ xác định theo số thực tế vào cuối quý, cuối năm. Trong mọi trường hợp, số thuế tiêu thụ đặc biệt được phép khấu trừ tối đa không vượt quá số thuế tiêu thụ đặc biệt tính cho phần nguyên liệu theo tiêu chuẩn định mức kinh tế kỹ thuật của sản phẩm.

4. Người nộp thuế tiêu thụ đặc biệt thực hiện nộp Tờ khai thuế tiêu thụ đặc biệt theo Mẫu số 01/tiêu thụ đặc biệt và Bảng xác định thuế tiêu thụ đặc biệt được khấu trừ (nếu có) theo Mẫu số 01-1/tiêu thụ đặc biệt được ban hành kèm theo Nghị định này.”

Căn cứ vào các quy định trên và thông tin bạn cung cấp, chúng tôi cho rằng công ty bạn không được khấu trừ thuế tiêu thụ đặc biệt đã nộp khi nhập khẩu 2 chiếc xe ô tô trên khi kê khai, nộp thuế tiêu thụ đặc biệt cho xăng sinh học do công ty bạn sản xuất bởi vì công ty bạn không rơi vào bất kỳ trường hợp khấu trừ thuế tiêu thụ đặc biệt nào theo quy định của pháp luật. Pháp luật chỉ cho phép khấu trừ thuế tiêu thụ đặc biệt khi thuế tiêu thụ đặc biệt đầu vào (hàng hóa, nguyên liệu mua về, nhập khẩu về chịu thuế tiêu thụ đặc biệt) liên quan đến thuế tiêu thụ đặc biệt đầu ra (sản xuất sản phẩm chịu thuế tiêu thụ đặc biệt).