Căn cứ Điều 16 Luật đầu tư số 67/2014/QH13:

“Điều 16. Ngành, nghề ưu đãi đầu tư và địa bàn ưu đãi đầu tư

1. Ngành, nghề ưu đãi đầu tư:

a) Hoạt động công nghệ cao, sản phẩm công nghiệp hỗ trợ công nghệ cao; hoạt động nghiên cứu và phát triển;

b) Sản xuất vật liệu mới, năng lượng mới, năng lượng sạch, năng lượng tái tạo; sản xuất sản phẩm có giá trị gia tăng từ 30% trở lên, sản phẩm tiết kiệm năng lượng;

c) Sản xuất sản phẩm điện tử, sản phẩm cơ khí trọng điểm, máy nông nghiệp, ô tô, phụ tùng ô tô; đóng tàu;

d) Sản xuất sản phẩm công nghiệp hỗ trợ cho ngành dệt may, da giày và các sản phẩm quy định tại điểm c khoản này;

đ) Sản xuất sản phẩm công nghệ thông tin, phần mềm, nội dung số;

e) Nuôi trồng, chế biến nông sản, lâm sản, thủy sản; trồng và bảo vệ rừng; làm muối; khai thác hải sản và dịch vụ hậu cần nghề cá; sản xuất giống cây trồng, giống vật nuôi, sản phẩm công nghệ sinh học;

g) Thu gom, xử lý, tái chế hoặc tái sử dụng chất thải;

h) Đầu tư phát triển và vận hành, quản lý công trình kết cấu hạ tầng; phát triển vận tải hành khách công cộng tại các đô thị;

i) Giáo dục mầm non, giáo dục phổ thông, giáo dục nghề nghiệp;

k) Khám bệnh, chữa bệnh; sản xuất thuốc, nguyên liệu làm thuốc, thuốc chủ yếu, thuốc thiết yếu, thuốc phòng, chống bệnh xã hội, vắc xin, sinh phẩm y tế, thuốc từ dược liệu, thuốc đông y; nghiên cứu khoa học về công nghệ bào chế, công nghệ sinh học để sản xuất các loại thuốc mới;

l) Đầu tư cơ sở luyện tập, thi đấu thể dục, thể thao cho người khuyết tật hoặc chuyên nghiệp; bảo vệ và phát huy giá trị di sản văn hóa;

m) Đầu tư trung tâm lão khoa, tâm thần, điều trị bệnh nhân nhiễm chất độc màu da cam; trung tâm chăm sóc người cao tuổi, người khuyết tật, trẻ mồ côi, trẻ em lang thang không nơi nương tựa;

n) Quỹ tín dụng nhân dân, tổ chức tài chính vi mô.

2. Địa bàn ưu đãi đầu tư:

a) Địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn, địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn;

b) Khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao, khu kinh tế.

3. Căn cứ ngành, nghề và địa bàn ưu đãi đầu tư quy định tại Khoản 1 và Khoản 2 Điều này, Chính phủ ban hành, sửa đổi, bổ sung Danh mục ngành, nghề ưu đãi đầu tư và Danh mục địa bàn ưu đãi đầu tư”.

Đồng thời quy định tại Khoản 1 Điều 16 Nghị định số 118/2015/NĐ-CP Quy định về đối tượng được hưởng ưu đãi đầu tư như sau:

“Điều 16. Đối tượng và nguyên tắc áp dụng ưu đãi đầu tư

1. Đối tượng được hưởng ưu đãi đầu tư theo quy định tại Khoản 2 Điều 15 và Điều 16 Luật Đầu tư gồm:

a) Dự án đầu tư thuộc ngành, nghề ưu đãi đầu tư hoặc ngành, nghề đặc biệt ưu đãi đầu tư theo quy định tại Phụ lục I Nghị định này;

b) Dự án đầu tư tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn hoặc địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn theo quy định tại Phụ lục II Nghị định này;

c) Dự án đầu tư có quy mô vốn từ 6.000 tỷ đồng trở lên, thực hiện giải ngân tối thiểu 6.000 tỷ đồng trong thời hạn 03 năm kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc kể từ ngày được quyết định chủ trương đầu tư đối với dự án không phải thực hiện thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư;

d) Dự án đầu tư tại vùng nông thôn sử dụng từ 500 lao động trở lên (không bao gồm lao động làm việc không trọn thời gian và lao động có hợp đồng lao động dưới 12 tháng);

đ) Doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp khoa học và công nghệ, tổ chức khoa học và công nghệ theo quy định của pháp luật về công nghệ cao và pháp luật về khoa học công nghệ”.

Và theo quy định tại Phụ lục II Danh mục địa bàn ưu đãi đầu tư (Ban hành kèm theo Nghị định số 118/2015/NĐ-CP ngày 12 tháng 11 năm 2015 của Chính phủ) dưới đây:

Theo các quy định trên và thông tin bạn cung cấp thì công ty bạn vừa có nhà máy ở địa bàn kinh tế khó khăn và nhà máy ở địa bàn bình thường không có sự ưu đãi.

Tiếp tục căn cứ vào quy định tại Điều 14 Nghị định 134/2016/NĐ-CP Quy định chi tiết một số điều và biện pháp thi hành Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu:

“Điều 14. Miễn thuế hàng hóa nhập khẩu để tạo tài sản cố định của đối tượng được hưởng ưu đãi đầu tư

1. Hàng hóa nhập khẩu để tạo tài sản cố định của đối tượng được hưởng ưu đãi đầu tư được miễn thuế nhập khẩu theo quy định tại Khoản 11 Điều 16 Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.

2. Hàng hóa nhập khẩu để tạo tài sản cố định của một dự án đầu tư có phần dự án thuộc đối tượng ưu đãi đầu tư được miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa nhập khẩu được phân bổ, hạch toán riêng để sử dụng trực tiếp cho phần dự án thuộc đối tượng ưu đãi đầu tư.

3. Dự án đầu tư thuộc địa bàn ưu đãi đầu tư và không thuộc ngành nghề ưu đãi đầu tư thì được miễn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu để tạo tài sản cố định phục vụ sản xuất của dự án ưu đãi đầu tư.

4. Căn cứ để xác định vật tư xây dựng trong nước chưa sản xuất được thực hiện theo quy định của Bộ Kế hoạch và Đầu tư.

Tiêu chí xác định phương tiện vận tải chuyên dùng trong dây chuyền công nghệ sử dụng trực tiếp cho hoạt động sản xuất của dự án đầu tư thực hiện theo quy định của Bộ Khoa học và Công nghệ.

…”

Như vậy, công ty bạn cần phải hạch toán riêng từng phần máy móc sử dụng cho nhà máy tại Quận 12 Tp. Hồ Chí Minh và nhà máy tại Ninh Hòa, Khánh Hòa. Trong đó, chỉ có máy móc nhập khẩu cho nhà máy sản xuất tại Ninh Hòa, Khánh Hòa (là khu vực kinh tế - xã hội khó khăn) mới được miễn thuế nhập khẩu. Còn máy móc nhập khẩu cho nhà máy sản xuất tại Quận 12, Tp. Hồ Chí Minh thì vẫn phải nộp thuế nhập khẩu bình thường.