Căn cứ vào quy định tại Điều 15 Nghị định 134/2016/NĐ-CP Quy định chi tiết một số điều và biện pháp thi hành Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu:

“Điều 15. Miễn thuế nhập khẩu đối với nguyên liệu, vật tư, linh kiện trong thời hạn 05 năm

1. Nguyên liệu, vật tư, linh kiện trong nước chưa sản xuất được nhập khẩu để sản xuất của dự án đầu tư thuộc danh mục ngành, nghề đặc biệt ưu đãi đầu tư hoặc địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn theo quy định của pháp luật về đầu tư, doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp khoa học và công nghệ, tổ chức khoa học và công nghệ được miễn thuế nhập khẩu trong thời hạn 05 năm kể từ khi bắt đầu sản xuất theo quy định tại Khoản 13 Điều 16 Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.

Thời gian bắt đầu sản xuất là thời gian sản xuất chính thức, không bao gồm thời gian sản xuất thử. Người nộp thuế tự kê khai, tự chịu trách nhiệm về ngày thực tế tiến hành hoạt động sản xuất và thông báo trước khi làm thủ tục hải quan cho cơ quan hải quan nơi tiếp nhận hồ sơ thông báo danh mục miễn thuế.

Hết thời hạn miễn thuế 05 năm, người nộp thuế phải nộp đủ thuế theo quy định đối với lượng nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu nhưng không sử dụng hết đã được miễn thuế.

2. Việc xác định sản phẩm có tổng giá trị tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng dưới 51 % giá thành sản phẩm căn cứ vào quy định về xác định sản phẩm có tổng giá trị tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51 % giá thành sản phẩm trở lên quy định tại Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01 tháng 7 năm 2016 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng, Luật thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật quản lý thuế, các văn bản hướng dẫn Nghị định này.

3. Căn cứ để xác định ngành, nghề đặc biệt ưu đãi đầu tư, địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn thực hiện theo quy định tại Luật đầu tư và Nghị định số 118/2015/NĐ-CP ngày 12 tháng 11 năm 2015 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật đầu tư.

Căn cứ để xác định nguyên liệu, vật tư, linh kiện trong nước chưa sản xuất được thực hiện theo quy định của Bộ Kế hoạch và Đầu tư.

…”

Theo quy định trên cho thấy, để nguyên liệu, vật tư được nhập khẩu để sản xuất được miễn thuế nhập khẩu trong thời hạn 05 năm kể từ khi bắt đầu sản xuất thì phải đảm bảo các điều kiện sau:

i) nguyên liệu, vật tư được nhập khẩu để sản xuất của dự án đầu tư thuộc danh mục ngành, nghề đặc biệt ưu đãi đầu tư hoặc địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn theo quy định của pháp luật về đầu tư, doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp khoa học và công nghệ, tổ chức khoa học và công nghệ theo quy định;

ii) Nguyên liệu, vật tư nhập khẩu thuộc diện trong nước chưa sản xuất được.

Tuy nhiên, theo thông tin bạn cung cấp và sau khi tra cứu Thông tư 01/2018/TT-BKHĐT Danh mục máy móc, thiết bị, phụ tùng thay thế, phương tiện vận tải chuyên dùng, nguyên liệu, vật tư, bán thành phẩm trong nước đã sản xuất được cho thấy mặt hàng công ty bạn nhập khẩu là “khô dầu đậu nành” (chính là đậu tương) thuộc số thứ tự 8, 9 Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư 01/2018/TT-BKHĐT) của Bộ Kế hoạch và Đầu tư. Do vậy, nguyên liệu này không được miễn thuế nhập khẩu theo quy định. Theo đó, công ty bạn vẫn phải nộp thuế nhập khẩu khi nhập khẩu mặt hàng trên.