Căn cứ vào Điều 3, 4 Luật thuế bảo vệ môi trường số 57/2010/QH12 quy định:

“Điều 3. Đối tượng chịu thuế

1. Xăng, dầu, mỡ nhờn, bao gồm:

a) Xăng, trừ etanol;

b) Nhiên liệu bay;

c) Dầu diezel;

d) Dầu hỏa;

đ) Dầu mazut;

e) Dầu nhờn;

g) Mỡ nhờn.

2. Than đá, bao gồm:

a) Than nâu;

b) Than an-tra-xít (antraxit);

c) Than mỡ;

d) Than đá khác.

3. Dung dịch hydro-chloro-fluoro-carbon (HCFC).

4. Túi ni lông thuộc diện chịu thuế.

5. Thuốc diệt cỏ thuộc loại hạn chế sử dụng.

6. Thuốc trừ mối thuộc loại hạn chế sử dụng.

7. Thuốc bảo quản lâm sản thuộc loại hạn chế sử dụng.

8. Thuốc khử trùng kho thuộc loại hạn chế sử dụng.

9. Trường hợp xét thấy cần thiết phải bổ sung đối tượng chịu thuế khác cho phù hợp với từng thời kỳ thì Ủy ban thường vụ Quốc hội xem xét, quy định.

Chính phủ quy định chi tiết Điều này.

Điều 4. Đối tượng không chịu thuế

1. Hàng hóa không quy định tại Điều 3 của Luật này không thuộc đối tượng chịu thuế bảo vệ môi trường.

2. Hàng hóa quy định tại Điều 3 của Luật này không chịu thuế bảo vệ môi trường trong các trường hợp sau:

a) Hàng hóa vận chuyển quá cảnh hoặc chuyển khẩu qua cửa khẩu, biên giới Việt Nam theo quy định của pháp luật, bao gồm hàng hóa được vận chuyển từ nước xuất khẩu đến nước nhập khẩu qua cửa khẩu Việt Nam nhưng không làm thủ tục nhập khẩu vào Việt Nam và không làm thủ tục xuất khẩu ra khỏi Việt Nam; hàng hóa quá cảnh qua cửa khẩu, biên giới Việt Nam trên cơ sở Hiệp định ký kết giữa Chính phủ Việt Nam và Chính phủ nước ngoài hoặc thỏa thuận giữa cơ quan, người đại diện được Chính phủ Việt Nam và Chính phủ nước ngoài ủy quyền theo quy định của pháp luật;

b) Hàng hóa tạm nhập khẩu, tái xuất khẩu trong thời hạn theo quy định của pháp luật;

c) Hàng hóa do cơ sở sản xuất trực tiếp xuất khẩu hoặc ủy thác cho cơ sở kinh doanh xuất khẩu để xuất khẩu, trừ trường hợp tổ chức, hộ gia đình, cá nhân mua hàng hóa thuộc đối tượng chịu thuế bảo vệ môi trường để xuất khẩu”.

Ngoài ra, căn cứ vào Điểm 2.4 Khoản 2 Điều 2 Thông tư số 152/2011/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 67/2011/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế Bảo vệ môi trường và Điều 2 Thông tư số 159/2012/TT-BTC quy định:

“Điều 2. Đối tượng không chịu thuế

...

2. Hàng hóa quy định tại Điều 3 Luật thuế bảo vệ môi trường và hướng dẫn tại Điều 2 Nghị định số 67/2011/NĐ-CP, Điều 1 Thông tư này không chịu thuế trong các trường hợp sau:

…

2.4. Hàng hóa xuất khẩu ra nước ngoài (bao gồm cả hàng hóa xuất khẩu được gia công từ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu) do cơ sở sản xuất (bao gồm cả gia công) trực tiếp xuất khẩu hoặc ủy thác cho cơ sở kinh doanh xuất khẩu để xuất khẩu thì cơ quan hải quan không thu thuế bảo vệ môi trường đối với hàng hóa xuất khẩu và nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để gia công sau đó xuất khẩu ra nước ngoài khi nhập khẩu.

Trường hợp hàng hóa thuộc đối tượng chịu thuế bảo vệ môi trường được tổ chức, hộ gia đình, cá nhân mua để xuất khẩu thì cơ sở sản xuất hàng hóa phải kê khai, nộp thuế bảo vệ môi trường khi bán hàng hóa.

…”

Theo các quy định trên, rõ ràng thuốc diệt cỏ thuộc loại hạn chế sử dụng là loại hàng hóa thuộc diện chịu thuế bảo vệ môi trường theo Khoản 5 Điều 3 Luật thuế bảo vệ môi trường. Đồng thời, lượng thuốc diệt cỏ này cũng không nằm trong Điểm c Khoản 2 Điều 4 Luật thuế bảo vệ môi trường nên hàng hóa này chắc chắn là đối tượng chịu thuế bảo vệ môi trường. Bên cạnh đó, căn cứ vào Điểm 2.4 Khoản 2 Điều 2 Thông tư số 152/2011/TT-BTC và Điều 2 Thông tư số 159/2012/TT-BTC thì “cơ sở sản xuất hàng hóa phải kê khai, nộp thuế bảo vệ môi trường khi bán hàng hóa”. Do vậy, trong trường hợp này chính công ty sản xuất thuốc phải kê khai, nộp thuế bảo vệ môi trường, còn công ty bạn không phải là người nộp thuế bảo vệ môi trường.