Tại khoản 2 Điều 7 Nghị định 120/2016/NĐ-CP ngày 23/8/2016 của Thủ tướng Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật phí và lệ phí quy định điều khoản chuyển tiếp:

“2. Các khoản phí trong Danh mục phí và lệ phí kèm theo Nghị định số 24/2006/NĐ-CP ngày 06 tháng 3 năm 2006 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Pháp lệnh phí và lệ phí chuyển sang cơ chế giá theo Luật phí và lệ phí thực hiện theo quy định pháp luật về giá.”

Tại điểm a Khoản 1 Điều 9 Mục 2 Nghị định số 16/2015/NĐ-CP ngày 14/2/2015 của Chính phủ quy định:

“Điều 9. Giá, phí dịch vụ sự nghiệp công

1. Giá dịch vụ sự nghiệp công

a) Dịch vụ sự nghiệp công không sử dụng kinh phí ngân sách nhà nước

- Đơn vị sự nghiệp công được xác định giá dịch vụ sự nghiệp công theo cơ chế thị trường, được quyết định các khoản thu, mức thu bảo đảm bù đắp chi phí hợp lý, có tích lũy theo quy định của pháp luật đối với từng lĩnh vực;

- Riêng dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh và dịch vụ giáo dục, đào tạo tại cơ sở khám bệnh, chữa bệnh, cơ sở giáo dục, đào tạo của Nhà nước thực hiện theo quy định pháp luật về giá.”

Tại Điều 15 Nghị định số 51/2010/NĐ-CP ngày 14/5/2010 của Chính phủ quy định về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ có quy định:

“Điều 15. Lập hóa đơn

1. Khi bán hàng hóa, dịch vụ người bán phải lập hóa đơn. Khi lập hóa đơn phải ghi đầy đủ nội dung theo quy định tại Nghị định này.

…

2. Bộ Tài chính quy định việc lập hóa đơn đối với các trường hợp cụ thể khác.”

Tại Khoản 7.a Điều 3 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015 sửa đổi bổ sung Điểm b khoản 1 Điều 16 Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/03/2014 hướng dẫn về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ:

“b) Người bán phải lập hóa đơn khi bán hàng hóa, dịch vụ, bao gồm cả các trường hợp hàng hóa, dịch vụ dùng để khuyến mại, quảng cáo, hàng mẫu; hàng hóa, dịch vụ dùng để cho, biếu, tặng, trao đổi, trả thay lương cho người lao động (trừ hàng hóa luân chuyển nội bộ, tiêu dùng nội bộ để tiếp tục quá trình sản xuất).”

Tại điểm 2.1 khoản 2 Phụ lục 4 ban hành kèm theo Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/3/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn việc lập hóa đơn bán hàng hóa, dịch vụ như sau:

“2. Trong một số trường hợp việc sử dụng và ghi hóa đơn, chứng từ được thực hiện cụ thể như sau:

2.1 Tổ chức nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế bán hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT, đối tượng được miễn thuế GTGT thì sử dụng hóa đơn GTGT, trên hóa đơn. GTGT chỉ ghi dòng giá bán là giá thanh toán, dòng thuế suất, số thuế GTGT không ghi và gạch bỏ.”

Tại Điều 5 Luật thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 có quy định đối tượng không chịu thuế GTGT:

“13. Dạy học, dạy nghề theo quy định của pháp luật.”

Tại Khoản 13 Điều 4 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số Điều của Luật thuế GTGT và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định về đối tượng không chịu thuế GTGT quy định:

“13. Dạy học, dạy nghề theo quy định của pháp luật bao gồm cả dạy ngoại ngữ, tin học; dạy múa, hát, hội họa, nhạc, kịch, xiếc, thể dục, thể thao; nuôi dạy trẻ và dạy các nghề khác nhằm đào tạo, bồi dưỡng nâng cao trình độ văn hóa, kiến thức chuyên môn nghề nghiệp.

Trường hợp các cơ sở dạy học các cấp từ mầm non đến trung học phổ thông có thu tiền ăn, tiền vận chuyển đưa đón học sinh và các Khoản thu khác dưới hình thức thu hộ, chi hộ thì tiền ăn, tiền vận chuyển đưa đón học sinh và các Khoản thu hộ, chi hộ này cũng thuộc đối tượng không chịu thuế.

Khoản thu về ở nội trú của học sinh, sinh viên, học viên; hoạt động đào tạo (bao gồm cả việc tổ chức thi và cấp chứng chỉ trong quy trình đào tạo) do cơ sở đào tạo cung cấp thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Trường hợp cơ sở đào tạo không trực tiếp tổ chức đào tạo mà chỉ tổ chức thi, cấp chứng chỉ trong quy trình đào tạo thì hoạt động tổ chức thi và cấp chứng chỉ cũng thuộc đối tượng không chịu thuế. Trường hợp cung cấp dịch vụ thi và cấp chứng chỉ không thuộc quy trình đào tạo thì thuộc đối tượng chịu thuế GTGT.

Ví dụ 7: Trung tâm đào tạo X được cấp có thẩm quyền giao nhiệm vụ đào tạo để cấp chứng chỉ hành nghề về đại lý bảo hiểm. Trung tâm đào tạo X giao nhiệm vụ đào tạo cho đơn vị Y thực hiện, Trung tâm đào tạo X tổ chức thi và cấp chứng chỉ hành nghề đại lý bảo hiểm thì hoạt động tổ chức thi và cấp chứng chỉ của Trung tâm đào tạo X thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.”

Liên quan đến sử dụng chứng từ thu học phí, Tổng cục Thuế cũng đã trình Bộ và lãnh đạo Bộ có ý kiến giao Tổng cục trả lời hướng dẫn việc sử dụng Biên lai thu học phí còn tồn nêu tại công văn số 192/CT- TTHT ngày 16/2/2017 của Cục Thuế tỉnh Bạc Liêu (công văn số 1088/TCT-CS ngày 24/3/2017 (bản photocopy đính kèm)):

“Để tránh lãng phí đối với Biên lai thu phí, lệ phí in còn tồn, đồng thòi tạo điều kiện Trường Đại học Bạc Liêu kịp thời đặt in mẫu hóa đơn phù hợp với nghiệp vụ kinh tế phát sinh, Biên lai thu phí để thu học phí do Trường Đại học Bạc Liêu đặt in đã thực hiện thông báo phát hành trước ngày 1/1/2017 nhưng chưa sử dụng hết thì được tiếp tục sử dụng hết 30/6/2017.

Trường hợp đến hết ngày 30/6/2017đơn vị chưa sử dụng hết Biên lai thu phí, lệ phí còn tồn thì Cục Thuế hướng dẫn đơn vị thực hiện thanh hủy theo quy định tại Điều 6 Thông tư số 303/2016/TT-BTCngày 15/11/2016".