1. - Liên quan đến vấn đề bạn hỏi, trước hết, theo điểm c khoản 3 Điều 62,  khoản 1 Điều 63 và điểm đ khoản 2 Điều 118 Luật Đất đai 2013, việc sử dụng đất của doanh nghiệp bạn vào mục đích thực hiện dự án xây dựng nhà ở xã hội thuộc trường hợp Nhà nước thu hồi đất của người đang sử dụng để cho doanh nghiệp thuê không thông qua hình thức đấu giá quyền sử dụng đất.

- Vì vậy, theo quy định tại khoản 2 Điều 13 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP ngày 15 tháng 5 năm 2014 của Chính phủ quy định về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước (khoản này đã được sửa đổi bởi Khoản 4 Điều 3 Nghị định 123/2017/NĐ-CP ngày 14 tháng 11 năm 2017 của Chính Phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của các Nghị định quy định về thu tiền sử dụng đất, thu tiền thuê đất, thuê mặt nước), số tiền mà doanh nghiệp bạn đã bỏ ra để bồi thường giải phóng mặt bằng được xử lý như sau:

Điều 3 Nghị định 123/2017/NĐ-CP. Sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 46/2014/NĐ-CP ngày 15 tháng 5 năm 2014 quy định về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước

“...

4. Sửa đổi khoản 2 ... Điều 13 như sau:

“2. Đối với trường hợp thuộc đối tượng thuê đất không thông qua hình thức đấu giá và người được Nhà nước cho thuê đất tự nguyện ứng trước tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt thì được trừ số tiền đã ứng trước vào tiền thuê đất phải nộp theo phương án được duyệt; mức trừ không vượt quá số tiền thuê đất phải nộp. Đối với số tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng còn lại chưa được trừ vào tiền thuê đất phải nộp (nếu có) thì được tính vào vốn đầu tư của dự án.

Hồ sơ đề nghị khấu trừ tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng gồm:

- Phương án bồi thường, giải phóng mặt bằng được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt: 01 bản sao;

- Chứng từ và bảng kê thanh toán tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng: 01 bản chính.”

(Lưu ý: theo khoản 3 Điều 13 Nghị định 46/2014/NĐ-CP: “3. Tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng quy định tại Khoản 1, Khoản 2 Điều này gồm tiền bồi thường, hỗ trợ, tái định cư và kinh phí tổ chức thực hiện bồi thường, giải phóng mặt bằng.”)

- Ngoài ra, trường hợp của doanh nghiệp bạn còn được hướng dẫn cụ thể tại khoản 3, khoản 5 Điều 6 Thông tư số 77/2014/TT-BTC ngày 16 tháng 6 năm 2014 hướng dẫn một số điều của Nghị định số 46/2014/NĐ-CP ngày 15 tháng 5 năm 2014 của Chính phủ quy định về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước. Cụ thể như sau:

Điều 6 Thông tư số 77/2014/TT-BTC. Xử lý tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng

“…

3. Trường hợp người được Nhà nước cho thuê đất tự nguyện ứng trước tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt thì được trừ số tiền đã ứng trước vào tiền thuê đất phải nộp theo phương án được phê duyệt.

Trường hợp số tiền ứng trước về bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt vượt quá tiền thuê đất phải nộp thì chỉ được trừ bằng tiền thuê đất phải nộp; số còn lại được tính vào vốn đầu tư của dự án.

Trường hợp được Nhà nước cho thuê đất trả tiền thuê đất hàng năm thì số tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng đã ứng trước theo phương án được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt được trừ vào tiền thuê đất phải nộp, được quy đổi theo chính sách và giá đất tại thời điểm được Nhà nước cho thuê đất và được xác định là thời gian đã hoàn thành việc nộp tiền thuê đất hàng năm.

…

5. Cơ quan tài chính thực hiện ghi thu, ghi chi số tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng mà người được Nhà nước cho thuê đất đã tự nguyện ứng trước được trừ vào tiền thuê đất, thuê mặt nước phải nộp theo quy định tại pháp luật về ngân sách nhà nước.”