Căn cứ vào Điểm b Khoản 4 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC Hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng quy định:

“Điều 14. Nguyên tắc khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào

…

4. Khấu trừ thuế giá trị gia tăng trong một số trường hợp cụ thể như sau:

…

b) Đối với cơ sở sản xuất kinh doanh có dự án đầu tư thực hiện đầu tư theo nhiều giai đoạn, bao gồm cả cơ sở sản xuất, kinh doanh mới thành lập, có phương án sản xuất, kinh doanh tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán tập trung và sử dụng sản phẩm thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng để sản xuất ra mặt hàng chịu thuế giá trị gia tăng nhưng trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản có cung cấp hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế giá trị gia tăng thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào trong giai đoạn đầu tư để hình thành tài sản cố định được khấu trừ toàn bộ. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế giá trị gia tăng đầu vào không sử dụng cho đầu tư tài sản cố định phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế giá trị gia tăng để kê khai khấu trừ theo tỷ lệ (%) giữa doanh số chịu thuế giá trị gia tăng so với tổng doanh số hàng hóa, dịch vụ bán ra.

Đối với cơ sở kinh doanh có dự án đầu tư để tiếp tục sản xuất, chế biến và có văn bản cam kết tiếp tục sản xuất sản phẩm chịu thuế giá trị gia tăng thì được kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng ngay từ giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản. Đối với thuế giá trị gia tăng đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư XDCB, doanh nghiệp đã kê khai, khấu trừ, hoàn thuế nhưng sau đó xác định không đủ điều kiện, khấu trừ, hoàn thuế thì doanh nghiệp phải kê khai, điều chỉnh nộp lại tiền thuế giá trị gia tăng đã khấu trừ, hoàn thuế. Trường hợp doanh nghiệp không thực hiện điều chỉnh, qua thanh tra, kiểm tra cơ quan thuế phát hiện ra thì cơ quan thuế sẽ thực hiện truy thu, truy hoàn và xử phạt theo quy định. Doanh nghiệp phải hoàn toàn chịu trách nhiệm trước pháp luật về các nội dung đã báo cáo, cam kết giải trình với cơ quan thuế liên quan đến việc khấu trừ, hoàn thuế.

Trường hợp cơ sở có bán hàng hóa là sản phẩm nông, lâm, thủy hải sản chưa qua chế biến hoặc mới qua sơ chế thông thường thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng thì số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào được tính khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng so với tổng doanh số của hàng hóa, dịch vụ bán ra.

…”.

Như vậy, theo quy định và thông tin bạn cung cấp cho thấy công ty bạn đã sử dụng một phần trái cây của dự án vào sản xuất sản phẩm chịu thuế giá trị gia tăng (nước trái cây), một phần bán ra thì thực hiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào như sau:

- Thuế giá trị gia tăng đầu vào của tài sản cố định (TSCĐ) (vườn trái cây, nhà máy chế biến nước trái cây): công ty bạn sẽ được khấu trừ toàn bộ (bao gồm cả thuế giá trị gia tăng phát sinh trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản (XDCB)).

- Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa (trái cây): thực hiện khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hóa chịu thuế giá trị gia tăng (doanh thu từ việc bán nước trái cây) so với tổng doanh số của công ty bán ra bao gồm doanh thu từ nước trái cây và bán trái cây cho thị trường.