Căn cứ Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài Chính hướng dẫn một số điều của Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế:

+ Tại Khoản 5 Điều 10 quy định về khai bổ sung hồ sơ khai thuế:

“Khai bổ sung hồ sơ khai thuế

a) Sau khi hết hạn nộp hồ sơ khai thuế theo quy định, người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế.

Đối với loại thuế có kỳ quyết toán thuế năm: Trường hợp chưa nộp hồ sơ khai quyết toán thuế năm thì người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế tạm nộp của tháng, quý có sai sót, đồng thời tổng hợp số liệu khai bổ sung vào hồ sơ khai quyết toán thuế năm. Trường hợp đã nộp hồ sơ khai quyết toán thuế năm thì chỉ khai bổ sung hồ sơ khai quyết toán thuế năm. Trường hợp hồ sơ khai bổ sung hồ sơ quyết toán thuế năm làm giảm số thuế phải nộp nếu cần xác định lại số thuế phái nộp của tháng, quý thì khai bổ sung hồ sơ khai tháng, quý và tính lại tiền chậm nộp (nếu có).

Hồ sơ khai thuế bổ sung được nộp cho cơ quan thuế vào bất cứ ngày làm việc nào, không phụ thuộc vào thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của lần tiếp theo, nhưng phải truớc khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế; nếu cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế sau kiểm tra, thanh tra thì người nộp thuế được khai bổ sung, điều chỉnh:

- Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp còn sai sót nhưng không liên quan đến thời kỳ, phạm vi đã kiểm tra, thanh tra thì người nộp thuế được khai bổ sung, điều chỉnh và phải nộp tiền chậm nộp theo quy định.

- Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp còn sai sót liên quan đến thời kỳ đã kiềm tra, thanh tra nhưng không thuộc phạm vi đã kiểm tra, thanh tra thì người nộp thuế được khai bổ sung, điều chỉnh và phải nộp tiền chậm nộp theo quy định.

- Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp còn sai sót liên quan đến thời kỳ, phạm vi đã kiểm tra, thanh tra dẫn đến phát sinh tăng số thuế phải nộp, giảm số thuế đã được hoàn, giảm số thuế được khấu trừ, giảm số thuế đã nộp thừa thì người nộp thuế được khai bổ sung, điều chỉnh và bị xử lý theo quy định như đối với trường hợp cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra phát hiện.

Trường hợp cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế liên quan đến tăng, giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ thì người nộp thuế thực hiện khai điều chỉnh vào hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế nhận được kết luận, quyết định xử lý về thuế theo kết luận, quyết định xử lý về thuế của cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền (người nộp thuế không phải lập hồ sơ khai bổ sung).

c) Các trường hợp khai bổ sung hồ sơ khai thuế

...

c.5) Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm giảm số thuế GTGT chưa khấu trừ hết của kỳ tính thuế có sai sót thì lập hồ sơ khai bổ sung:

Trường hợp người nộp thuế chưa dừng khẩu trừ chưa đề nghị hoàn thuế thì số tiền thuế điều chỉnh giảm khấu trừ của kỳ sai sót khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế GTGT của kỳ lập hồ sơ khai thuế hiện tại.

Ví dụ 7: Công ty H vào tháng 8/2014 lập hồ sơ khai bổ sung của hồ sơkhai thuế GTGT tháng 01/2014 làm giảm số thuế GTGT chưa khấu trừ hết từ 200 triệu đồng xuống còn 100 triệu đồng thì người nộp thuế không phải nộp số thuế GTGT 100 triệu đồng và không phải tính chậm nộp, mà điều chỉnh giảm số thuế GTGT không được khấu trừ của tháng 01/2014 là 100 triệu đồng vào tờ khai thuế GTGT của tháng 7/2014 (nếu còn trong thời hạn khai thuế) hoặc tháng 8/2014, tháng lập hồ sơ kê khai bổ sung, điều chỉnh (kê khai vào chỉ tiêu - Điều chỉnh giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước).

Hồ sơ Công ty H nộp cho cơ quan thuế:

+ Tờ khai thuế GTGT tháng 01/2014 đã điều chỉnh giảm số thuế GTGT chưa khấu trừ hết 100 triệu đồng;

+ Bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh mẫu 01/KHBS làm giảm số thuế GTGT chưa khấu trừ hết 100 triệu đồng của kỳ tính thuế GTGT tháng 01/2014;

+ Tài liệu kèm theo giải thích số liệu trong Bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh (nếu có).

...”

+ Tại Khoản 1, Khoản 2 Điều 33 quy định xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa:

“1. Tiền thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt được coi là nộp thừa khi:

a) Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp đối với từng loại thuế có cùng nội dung kinh tế (tiểu mục) quy định của mục lục ngân sách nhà nước trong thời hạn 10 (mười) năm tính từ ngày nộp tiền vào ngân sách nhà nước. Đối với loại thuế phải quyết toán thuế thì người nộp thuế chỉ được xác định số thuế nộp thừa khi có số thuế đã nộp lớn hơn số thuế phải nộp theo quyết toán thuế.

...

2. Người nộp thuế có quyền giải quyết số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo thứ tự quy định sau:

a) Bù trừ tự động với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ hoặc còn phải nộp của cùng loại thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều 29 Thông tư này (trừ trường hợp nêu tại điểm b khoản 1 Điều này).

b) Bù trừ tự động với số tiền phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo của từng loại thuế có cùng nội dung kinh tế (tiểu mục) quy định của mục lục ngân sách nhà nước (trừ trường hợp nêu tại điểm b khoản 1 Điều này). Trường hợp quá 06 (sáu) tháng kể từ thời điểm phát sinh số tiền thuế nộp thừa mà không phát sinh khoản phải nộp tiếp theo thì thực hiện theo hướng dẫn tại điểm c khoản này.

...”