Căn cứ vào Khoản 1 Điều 5 Luật thuế Giá trị gia tăng năm 2008 của Quốc hội đã được sửa đổi, bổ sung theo quy định tại Khoản 1 Điều 1 của Luật số 106/2016/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng, Luật thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật quản lý thuế thì:

“Điều 5. Đối tượng không chịu thuế

1. Sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu.

Doanh nghiệp, hợp tác xã mua sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã khác thì không phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng nhưng được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào”.

Đồng thời, căn cứ vào Điều 5 Thông tư số 219/2013/TT-BTC Hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng quy định:

“Điều 5. Các trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng

…

5. Doanh nghiệp, hợp tác xã nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản, hải sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho doanh nghiệp, hợp tác xã ở khâu kinh doanh thương mại không phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng. Trên hóa đơn giá trị gia tăng, ghi dòng giá bán là giá không có thuế giá trị gia tăng, dòng thuế suất và thuế giá trị gia tăng không ghi, gạch bỏ.

Trường hợp doanh nghiệp, hợp tác xã nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho các đối tượng khác như hộ, cá nhân kinh doanh và các tổ chức, cá nhân khác thì phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng theo mức thuế suất 5% hướng dẫn tại Khoản 5 Điều 10 Thông tư này.

Hộ, cá nhân kinh doanh, doanh nghiệp, hợp tác xã và tổ chức kinh tế khác nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng khi bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường ở khâu kinh doanh thương mại thì kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng theo tỷ lệ 1% trên doanh thu.

…”

Căn cứ vào các quy định trên, trường hợp công ty của bạn sẽ như sau:

(1) Công ty bạn khi mua trái cây sạch từ nhà vườn trực tiếp trồng bán ra thì trái cây sạch này thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng.

(2) Khi công ty bán trái cây sạch cho các công ty thương mại và người tiêu dùng tại các cửa hàng thì kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng theo tỷ lệ 1% trên doanh thu (vì công ty bạn kê khai và nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp trực tiếp).