Tại khoản 6 Điều 1 Luật số 31/2013/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT quy định:

“đ) Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong tháng nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của tháng đó. Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai sót thì được kê khai, khấu trừ bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.”

Tại khoản 2 Điều 5 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ quy định nguyên tắc tính thuế, khai thuế, nộp thuế như sau:

“2. Người nộp thuế phải khai chính xác, trung thực, đầy đủ các nội dung trong tờ khai thuế và nộp đủ các chứng từ, tài liệu quy định trong hồ sơ khai thuế với cơ quan quản lý thuế.

Trường hợp sau khi hết hạn nộp hồ sơ khai thuế theo quy định, người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót thì được khai bổ sung, điều chỉnh hồ sơ khai thuế. Hồ sơ khai thuế bổ sung, điều chỉnh được nộp cho cơ quan thuế vào bất cứ ngày làm việc nào, không phụ thuộc vào thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của lần tiếp theo, nhưng phải trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế.

Khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế sau kiểm tra, thanh tra; nếu người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp và được kiểm tra, thanh tra (liên quan đến thời kỳ, phạm vi kiểm tra, thanh tra) còn sai sót thì người nộp thuế được tự khai bổ sung, điều chỉnh; việc xử lý căn cứ chế độ quy định và nguyên nhân khách quan, chủ quan của việc khai sót, chưa đúng phải điều chỉnh.”

Căn cứ công văn số 5028/TCT-CS ngày 13/12/2018 của Tổng cục Thuế hướng dẫn về trường hợp tương tự.

Căn cứ các quy định và hướng dẫn nêu trên, trường hợp Cơ quan thuế đã ban hành Quyết định kiểm tra thuế tại doanh nghiệp, nếu doanh nghiệp phát hiện kê khai sót một số hóa đơn đầu vào phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh liên quan đến thời kỳ, phạm vi kiểm tra, thanh tra thì Cục Thuế căn cứ kết quả kiểm tra thuế thực tế tại doanh nghiệp để xử lý theo quy định tại Khoản 2 Điều 5 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ.