Tại Khoản 4 Điều 19 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP ngày 15/5/2014 của Chính phủ quy định về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước quy định: “4. Việc miễn tiền thuê đất trong khu kinh tế, khu cộng nghệ cao thực hiện theo quy định của Chính phủ hoặc Thủ tướng Chính phủ về ưu đãi đầu tư đối với khu kinh tế, khu công nghệ cao.”

- Tại Điểm d Khoản 1 Điều 18 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP ngày 15/5/2014 của Chính phủ quy định về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước (đã được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 135/2016/NĐ-CP ngay 09/9/2016 của Chính phủ) quy định:

“1. Việc miễn, giảm tiền thuê đất, thuê mặt nước được thực hiện theo từng dự án đầu tư gắn với việc cho thuê đất mới trừ các trường hợp sau:

……………………..

d) Tổ chức, cá nhân đang thuê đất thuộc đối tượng được miễn, giảm tiền thuê đất theo các quy định khác của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ.”

- Tại Điều 6 Quyết định số 144/2004/QĐ-TTg ngày 12/8/2004 của Thủ tướng Chính phủ về bổ sung một số chính sách ưu đãi đối với Khu kinh tế cửa khẩu Mộc Bài, tỉnh Tây Ninh quy định:

“Điều 6. Cho phép các tổ chức, cá nhân có dự án đầu tư vào Khu Thương mại và Công nghiệp thuộc Khu Kinh tế cửa khẩu Mộc Bài được miễn tiền thuê đất trong 11 năm đầu kể từ ngày ký hợp đồng thuê đất và được hưởng mức giá thuê đất bằng 30% giá thuê áp dụng tại khu vực từ năm thứ 12 trở đi.”

- Tại Điều 13 Quyết định số 72/2013/QĐ-TTg ngày 26/11/2013 của Thủ tướng Chính phủ quy định cơ chế, chính sách tài chính đối với Khu kinh tế cửa khẩu quy định:

“Điều 13. Ưu đãi về tiền thuê đất, thuê mặt nước

1. Dự án đầu tư trong khu kinh tế cửa khẩu được miễn tiền thuê đất, thuê mặt nước theo quy định tại Nghị định số 142/2005/NĐ-CP ngày 14 tháng 11 năm 2005 của Chính phủ về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước và Nghị định số 121/2010/NĐ-CP ngày 30 tháng 12 năm 2010 của Chính phủ về sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 142/2005/NĐ- CP ngày 14 tháng 11 năm 2005, cụ thể như sau:

a) Miễn tiền thuê đất, thuê mặt nước đối với dự án đầu tư thuộc lĩnh vực đặc biệt khuyến khích đầu tư.

b) Miễn tiền thuê đất, thuê mặt nước 15 năm kể từ ngày xây dựng hoàn thành và đưa vào sử dụng đối với các dự án đầu tư thuộc lĩnh vực khuyến khích đầu tư.

c) Miễn tiền thuê đất thuê mặt nước 11 năm kể từ ngày xây dựng hoàn thành và đưa vào sử dụng đối với các dự án đầu tư không thuộc quy định tại điểm a, điểm b khoản 1 Điều này.

d) Danh mục lĩnh vực đặc biệt khuyến khích đầu tư và lĩnh vực khuyến khích đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư.

2. Nhà đầu tư trong nước và nước ngoài đầu tư vào Khu kinh tế cửa khẩu quốc tế Lào Cai (tỉnh Lào Cai), Khu kinh tế cửa khẩu quốc tế Cầu Treo (tỉnh Hà Tĩnh), Khu kinh tế - thương mại đặc biệt Lao Bảo (tỉnh Quảng Trị), Khu kinh tế cửa khẩu An Giang (tỉnh An Giang), Khu kinh tế cửa khẩu Mộc Bài (tỉnh Tây Ninh), Khu kinh tế cửa khẩu quốc tế Bờ Y (tỉnh Kon Tum), Khu kinh tế cửa khẩu Đồng Đăng - Lạng Sơn (tỉnh Lạng Sơn), Khu kinh tế cửa khẩu Móng Cái (tỉnh Quảng Ninh) và Khu kinh tế cửa khẩu Đồng Tháp (tỉnh Đồng Tháp) khi thuê đất, thuê mặt nước, ngoài được hưởng các ưu đãi quy định tại khoản I Điều này còn được giảm 70% tiền thuê đất, thuê mặt nước tính theo đơn giá thuê đất, thuê mặt nước áp dụng tại huyện có mức giá thuê đất, thuê mặt nước thấp nhất trong địa bàn tỉnh theo quy định của ủy ban nhân dân tỉnh tính từ năm nhà đầu tư hết thời gian được hưởng ưu đãi nêu tại Khoản 1 Điều này trở đi.”

- Tại Khoản 3 Điều 12 Thông tư số 77/2014/TT-BTC ngày 16/6/2014 hướng dẫn một số điều của Nghị định số 46/2014/NĐ- CP ngày 15 tháng 5 năm 2014 của Chính phủ quy định về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước quy định:

“3. Dự án đang hoạt động mà được ưu đãi về miễn, giảm tiền thuê đất, thuê mặt nước nhưng mức ưu đãi (miễn, giảm thấp hơn) quy định tại Điều 19, Điều 20 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP thì được áp dụng mức miễn, giảm theo quy định tại Điều 19, Điều 20 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP cho thời hạn miễn, giảm còn lại. Thời hạn miễn, giảm tiền thuê đất còn lại tính theo thời gian quy định tại Điều 19, Điều 20 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP trừ (-) đi thời gian đã được miễn, giảm trước ngày Nghị định số 46/2014/NĐ-CP có hiệu lực thi hành. Dự án đang hoạt động mà được ưu đãi về miễn, giảm tiền thuê đất, thuê mặt nước là dự án đã được cấp Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư (đã được ghi tại Giấy phép đầu tư) hoặc đã được cơ quan thuế ra quyết định miễn, giảm theo quy định của pháp luật trước ngày Nghị định số 46/2014/NĐ- CP có hiệu lực thi hành.

Trường hợp ngày bắt đầu tính tiền thuê đất trước ngày Nghị định số 46/2014/NĐ-CP có hiệu lực thi hành nhưng từ ngày Nghị định số 46/2014/NĐ-CP có hiệu lực thi hành, người thuê đất mới làm thủ tục xin miễn, giảm thì áp dụng quy định về miễn, giảm và các quy định khác theo Nghị định số 46/2014/NĐ-CP.”

- Tại Khoản 2 Điều 5 Thông tư số 333/2016/TT-BTC ngày 26/12/2016 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 77/2014/TT-BTC ngày 16/6/2014 hướng dẫn một số điều của Nghị định số 46/2014/NĐ-CP ngày 15 tháng 5 năm 2014 của Chính phủ quy định về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước sửa đổi, bổ sung Khoản 5 Điều 12 Thông tư số 77/2014/TT-BTC ngày 16/6/2014 quy định:

“5. Người được Nhà nước cho thuê đất chỉ được hưởng ưu đãi miễn, giảm tiền thuê đất sau khi làm các thủ tục để được miễn, giảm tiền thuê đất; cụ thể như sau:

a) Trường hợp thuộc đối tượng được miễn, giảm tiền thuê đất nhưng người được Nhà nước cho thuê đất không làm thủ tục để được miễn, giảm tiền thuê đất thì phải nộp tiền thuê đất theo quy định của pháp luật. Trường hợp chậm làm thủ tục miễn, giảm tiền thuê đất thì khoảng thời gian chậm làm thủ tục không được miễn, giảm tiền thuê đất.

b) Trường hợp khi nộp hồ sơ xin miễn, giảm tiền thuê đất đã hết thời gian được miễn, giảm theo quy định tại Điều 19, Điều 20 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP thì không được miễn, giảm tiền thuê đất; nếu đang trong thời gian được miễn, giảm tiền thuê đất thì chỉ được miễn, giảm tiền thuê đất cho thời gian ưu đãi còn lại tính từ thời điểm nộp đủ hồ sơ hợp lệ xin miễn, giảm tiền thuê đất; trừ các trường hợp quy định tại Điểm c Khoản này.

c) Trường hợp thuộc đối tượng được miễn, giảm tiền thuê đất không gắn với dự án đầu tư và thuê đất mới quy định tại Khoản 1 Điều 18 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung tại Khoản 5 Điều 3 Nghị định số 135/2016/NĐ-CP) và nộp đủ hồ sơ hợp lệ trước ngày 01 tháng 7 năm 2017 thì thời điểm được miễn, giảm tiền thuê đất được xác định như sau:

- Tính từ thời điểm phải chuyển sang thuê đất theo quy định của pháp luật đất đai đối với trường hợp quy định tại Điểm a Khoản 1 Điều 18 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP.

- Tính từ thời điểm bắt đầu được miễn, giảm tiền thuê đất theo quy định của pháp luật về đất đai đối với trường hợp quy định tại Điểm b Khoản 1 Điều 18 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP.

- Tính từ thời điểm phải nộp tiền thuê đất đối với trường hợp quy định tại Điểm c Khoản 1 Điều 18 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP.

- Tính từ thời điểm quy định của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ có hiệu lực đối với trường hợp quy định tại Điểm d Khoản 1 Điều 18 Nghị định số 46/2014/ND-CP

Trường hợp các đối tượng nêu trên nộp đủ hồ sơ hợp lệ từ ngày 01 tháng 7 năm 2017 trở đi thì chỉ được miền, giảm tiền thuê đất cho thời gian ưu đãi còn lại (nếu còn).”