Hệ quả pháp lý của việc hợp nhất doanh nghiệp như sau:         

Thứ nhất, sau khi đăng ký doanh nghiệp, các công ty bị hợp nhất chấm dứt tồn tại; công ty hợp nhất được hưởng các quyền và lợi ích hợp pháp, chịu trách nhiệm về các khoản nợ chưa thanh toán, hợp đồng lao động và các nghĩa vụ tài sản khác của các công ty bị hợp nhất.

Thứ hai, nếu hợp nhất mà theo đó công ty hợp nhất có thị phần từ 30% đến 50% trên thị trường liên quan thì đại diện hợp pháp của công ty bị hợp nhất phải thông báo cho cơ quan quản lý cạnh tranh trước khi tiến hành hợp nhất, trừ trường hợp Luật cạnh tranh có quy định khác.

Cấm các trường hợp hợp nhất mà theo đó công ty hợp nhất có thị phần trên 50% trên thị trường có liên quan, trừ trường hợp Luật cạnh tranh có quy định khác.

Theo Luật Cạnh tranh năm 2018, hợp nhất doanh nghiệp là một hình thức tập trung kinh tế và doanh nghiệp không được thực hiện tập trung kinh tế nếu gây tác động hoặc có khả năng gây tác động hạn chế cạnh tranh một cách đáng kể trên thị trường Việt Nam.[1]

Thứ ba, Cơ quan đăng ký kinh doanh cập nhật tình trạng pháp lý của công ty bị hợp nhất trên Cơ sở dữ liệu quốc gia về đăng ký doanh nghiệp khi cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp cho công ty hợp nhất. Trường hợp công ty bị hợp nhất có địa chỉ trụ sở chính ngoài tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương nơi đặt trụ sở chính công ty hợp nhất thì Cơ quan đăng ký kinh doanh nơi công ty hợp nhất phải thông báo việc đăng ký doanh nghiệp cho Cơ quan đăng ký kinh doanh nơi đặt trụ sở chính công ty bị hợp nhất để cập nhật tình trạng pháp lý của công ty bị hợp nhất trên Cơ sở dữ liệu quốc gia về đăng ký doanh nghiệp.