Căn cứ Điều 2 Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13 của Quốc Hội quy định:

“Điều 2. Đối tượng chịu thuế

1. Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu qua cửa khẩu, biên giới Việt Nam.

2. Hàng hóa xuất khẩu từ thị trường trong nước vào khu phi thuế quan, hàng hóa nhập khẩu từ khu phi thuế quan vào thị trường trong nước.

3. Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ và hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp thực hiện quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu, quyền phân phối.

4. Đối tượng chịu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu không áp dụng đối với các trường hợp sau:

a) Hàng hóa quá cảnh, chuyển khẩu, trung chuyển;

b) Hàng hóa viện trợ nhân đạo, hàng hóa viện trợ không hoàn lại;

c) Hàng hóa xuất khẩu từ khu phi thuế quan ra nước ngoài; hàng hóa nhập khẩu từ nước ngoài vào khu phi thuế quan và chỉ sử dụng trong khu phi thuế quan; hàng hóa chuyển từ khu phi thuế quan này sang khu phi thuế quan khác;

d) Phần dầu khí được dùng để trả thuế tài nguyên cho Nhà nước khi xuất khẩu.

5. Chính phủ quy định chi tiết Điều này.”

Như vậy, mặc dù hàng hóa của tổ chức phi chính phủ mà bạn đề cập có vận chuyển qua biên giới Việt Nam nhưng hàng hóa này là hàng viện trợ nhân đạo nên căn cứ vào Điểm b Khoản 4 Điều 2 nêu trên thì hàng hóa này không thuộc diện chịu thuế xuất khẩu, nhập khẩu.