Tại Khoản 5.b Điều 2 Thông tư số 166/2013/TT-BTC ngày 15/11/2013 của Bộ Tài Chính quy định chi tiết về xử phạt vi phạm hành chính về thuế quy định:

"b) Trường hợp hành vi vi phạm hành chính về thuế có dấu hiệu tội phạm đã chuyển hồ sơ đề nghị truy cứu trách nhiệm hình sự, cơ quan tiến hành tố tụng hình sự đã có quyết định khởi tố vụ án mà trước đó người có thẩm quyền xử phạt đã có quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế thì người đã ra quyết định xử phạt phải ra quyết định hủy bỏ quyết định xử phạt; nếu chưa ra quyết định xử phạt thì không xử phạt vi phạm hành chính về thuế đối với hành vi đó”.

- Tại Khoản 2, 3 Điều 24 Thông tư số 166/2013/TT- BTC ngày 15/11/2013 của Bộ Tài Chính quy định chi tiết về xử phạt vi phạm hành chính về thuế quy định:

“2. Trường hợp, người có thẩm quyền xử phạt đã ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, đang trong thời gian thi hành quyết định xử phạt, nếu hành vi vi phạm được phát hiện có dấu hiệu tội phạm mà chưa hết thời hiệu truy cứu trách nhiệm hình sự, thì người đã ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế phải ra quyết định tạm đình chỉ thi hành quyết định đó và trong thời hạn 03 ngày, kể từ ngày ra quyết định tạm đình chỉ phải chuyển hồ sơ xử lý vi phạm cho cơ quan tiến hành tố tụng hình sự có thẩm quyền để xử lý; trường hợp đã thi hành xong quyết định xử phạt thì người có thẩm quyền đã ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế phải chuyển hồ sơ vụ vi phạm cho cơ quan tiến hành tố tụng hình sự để xử lý...

3... Trường hợp cơ quan tiến hành tố tụng hình sự có quyết định khởi tố vụ án thì người có thẩm quyền xử phạt vì phạm hành chính thuế phải hủy bỏ quyết định xử phạt vi phạm hành chính thuế và chuyển tài liệu về việc thi hành quyết định xử phạt cho cơ quan tiến hành tố tụng hình sự".

- Tại Khoản 2 Điều 6 Thông tư số 166/2013/TT-BTC ngày 15/11/2013 của Bộ Tài Chính quy định chi tiết về xử phạt vi phạm hành chính về thuế quy định:

“b) Đối với hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn: Phạt 20% số tiền thuế thiếu, số tiền thuế được hoàn. Mức phạt tiền được áp dụng cho người nộp thuế là tổ chức, hộ gia đình và cá nhân theo quy định tại Điều 107 Luật quản lý thuế.

c) Đối với hành vi trốn thuế, gian lận thuế: Phạt từ 1 đến 3 lần số tiền thuế trốn đối với hành vi trốn thuế, gian lận thuế...”

- Tại Điều 103 Luật quản lý thuế số 78/QH11/2006 ngày 29/11/2006 của Quốc hội quy định:

“Điều 103. Hành vi vi phạm pháp luật về thuế của người nộp thuế

1. Vi phạm các thủ tục thuế.

2. Chậm nộp tiền thuế.

3. Khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn.

4. Trốn thuế, gian lận thuế”.

- Tại Khoản 2 Điều 109 Luật quản lý thuế số 78/QH11/2006 ngày 29/11/2006 của Quốc hội hướng dẫn về thẩm quyền xử phạt vi phạm pháp luật về Thuế quy định:

“2. Đối với hành vi quy định tại các khoản 2, 3 và 4 Điều 103 của Luật này thì thủ trưởng cơ quan quản lý thuế, Cục trưởng Cục điều tra chống buôn lậu, Cục trưởng Cục kiểm tra sau thông quan thuộc Tổng cục Hải quan có thẩm quyền ra quyết định xử phạt vi phạm pháp luật về thuế".

- Tại Khoản 2 Điều 74 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài Chính hướng dẫn xử lý số thuế nộp thừa, số thuế nộp thiếu sau khi có quyết định giải quyết của cơ quan có thẩm quyền quy định:

“2. Trường hợp số thuế phải nộp xác định tại quyết định giải quyết khiếu nại cao hơn số với số thuế phải nộp xác định tại quyết định hành chính bị khiếu nại thì người nộp thuế phải nộp đầy đủ số thuế còn thiếu trong thời hạn mười ngày kể từ ngày nhận được quyết định giải quyết khiếu nại”.

- Tại Khoản 2a Điều 33 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài Chính hướng dẫn xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa quy định:

“2. Ngưrời nộp thuế có quyền giải quyết số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo thứ tự quy định sau:

a) Bù trừ tự động với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ hoặc còn phải nộp của cùng loại thuế.."