Tại Điều 11 Nghị định 203/2013/NĐ-CP ngày 28/11/2013 của Chính phủ quy định phương thức thu tiền cấp quyền khai thác khoáng sản đối với trường hợp nộp nhiều lần thì lần đầu thu khi có thông báo của cơ quan nhà nước có thẩm quyền; các lần sau thu hàng năm liên tục (trước ngày 31 tháng 3 các năm tiếp theo) và hoàn thành việc thu trước khi giấy phép hết hạn 5 năm.

Tại Điều 4 Thông tư 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế thu nhập doanh nghiệp có hướng dẫn các khoản chi không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế đối với số tiền CQKTKS vượt mức thực tế phát sinh của năm như sau: Trường hợp nộp một lần, mức thực tế phát sinh của năm được xác định trên cơ sở tổng số tiền cấp quyền khai thác khoáng sản phân bổ cho số năm khai thác còn lại. Trường hợp nộp hàng năm, mức thực tế phát sinh là số tiền cấp quyền khai thác khoáng sản của năm mà doanh nghiệp đã nộp Ngân sách Nhà nước.