Tại Khoản 1, 2 Điều 5 Luật Thuế GTGT số 13/2008/QH12 ngày 03/6/2008 quy định:

“Điều 5. Đối tượng không chịu thuế

1. Sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu.

2. Sản phẩm là giống vật nuôi, giống cây trồng, bao gồm trứng giống, con giống, cây giống, hạt giống, tinh dịch, phôi, vật liệu di truyền.”

Tại Khoản 2 Điều 4 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính quy định về đối tượng không chịu thuế GTGT như sau:

“2. Sản phẩm là giống vật nuôi, giống cây trồng, bao gồm trứng giống, con giống, cây giống, hạt giống, cành giống, củ giống, tinh dịch, phôi, vật liệu di truyền ở các khâu nuôi trồng, nhập khẩu và kinh doanh thương mại. Sản phẩm giống vật nuôi, giống cây trồng thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT là sản phẩm do các cơ sở nhập khẩu, kinh doanh thương mại có giấy đăng ký kinh doanh giống vật nuôi, giống cây trồng do cơ quan quản lý nhà nước cấp. Đối với sản phẩm là giống vật nuôi, giống cây trồng thuộc loại Nhà nước ban hành tiêu chuẩn, chất lượng phải đáp ứng các điều kiện do Nhà nước quy định.”

Tại Khoản 2 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/02/2015 của Bộ Tài chính bổ sung Khoản 3a vào Điều 4 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính quy định đối tượng không chịu thuế GTGT như sau:

“3a. Phân bón là các loại phân hữu cơ và phân vô cơ như: phân lân, phân đạm (urê), phân NPK, phân đạm hỗn hợp, phân phốt phát, bồ tạt; phân vi sinh và các loại phân bón khác;

…

Máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp gồm: máy cày; máy bừa; máy phay; máy rạch hàng; máy bạt gốc; thiết bị san phẳng đồng ruộng; máy gieo hạt; máy cấy; máy trồng mía; hệ thống máy sản xuất mạ thảm; máy xới, máy vun luống, máy vãi, rắc phân, bón phân; máy, bình phun thuốc bảo vệ thực vật; máy thu hoạch lúa, ngô, mía, cà phê, bông; máy thu hoạch củ, quả, rễ; máy đốn chè, máy hái chè; máy tuốt đập lúa; máy bóc bẹ tẽ hạt ngô; máy tẽ ngô; máy đập đậu tương; máy bóc vỏ lạc; xát vỏ cà phê; máy, thiết bị sơ chế cà phê, thóc ướt; máy sấy nông sản (lúa, ngô, cà phê, tiêu, điều...), thủy sản; máy thu gom, bốc mía, lúa, rơm rạ trên đồng; máy ấp, nở trứng gia cầm; máy thu hoạch cỏ, máy đóng kiện rơm, cỏ; máy vắt sữa và các loại máy chuyên dùng khác”.

Căn cứ hướng dẫn tại Điểm 2 công văn số 1677/BTC-TCT ngày 29/1/2016 của Bộ Tài chính như sau:

“2. Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn hoặc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn các tỉnh, thành phố xác nhận các máy, thiết bị chuyên dùng khác phục vụ cho sản xuất nông nghiệp chưa được hướng dẫn tại khoản 2 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015 của Bộ Tài chính, điểm 1 công văn số 12848/BTC-CST ngày 15/9/2015 và điểm 1 công văn này theo nguyên tắc: Máy, thiết bị và linh kiện đồng bộ để lắp ráp thành máy móc, thiết bị sử dụng trong nông nghiệp và không thể sử dụng cho mục đích khác là máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ sản xuất nông nghiệp thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT theo quy định tại khoản 1 Điều 3 Luật số 71/2014/QH13 ngày 26/11/2014 sửa đổi, bổ sung một số điều của các Luật thuế.”

Căn cứ các quy định và hướng dẫn nêu trên, trường hợp sản phẩm giống vật nuôi, giống cây trồng là sản phẩm do các cơ sở nhập khẩu, kinh doanh thương mại có giấy đăng ký kinh doanh giống vật nuôi, giống cây trồng do cơ quan quản lý nhà nước cấp; đối với sản phẩm là giống vật nuôi, giống cây trồng thuộc loại Nhà nước ban hành tiêu chuẩn, chất lượng đáp ứng đủ các điều kiện do nhà nước quy định thì thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.