- Tại khoản 3 Điều 3 Nghị định số 135/2016/NĐ-CP ngày 09 tháng 9 năm 2016 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của các Nghị định quy định về thu tiền sử dụng đất, thu tiền thuê đất, thuê mặt nước. Khoản này có nội dung bổ sung Điều 13 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP ngày 15 tháng 5 năm 2014 của Chính phủ quy định về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước. Cụ thể như sau:

“Điều 3. Sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 46/2014/NĐ-CP ngày 15 tháng 5 năm 2014 của Chính phủ quy định về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước

…

3. Bổ sung Khoản 4, Khoản 5, Khoản 6, Khoản 7 vào Điều 13 như sau:

“4. Trường hợp dự án đầu tư được Nhà nước giao đất không thông qua hình thức đấu giá mà có hình thức sử dụng đất hỗn hợp: Giao đất có thu tiền sử dụng đất, giao đất không thu tiền sử dụng đất, cho thuê đất và nhà đầu tư tự nguyện ứng trước tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt thì việc khấu trừ tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng được tính theo từng loại diện tích và được phân bổ đều tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng của phần diện tích đất sử dụng vào mục đích công cộng vào các phần diện tích đất tương ứng.

…

7. Việc xác định và khấu trừ tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng vào tiền thuê đất phải nộp đối với trường hợp quy định tại Khoản 1, Khoản 2, Khoản 4 Điều này được thực hiện tại thời điểm có quyết định cho thuê đất của cơ quan nhà nước có thẩm quyền theo quy định của Luật đất đai”.

- Ngoài ra, vấn đề này còn được hướng dẫn chi tiết tại Điều 3 Thông tư 333/2016/TT-BTC ngày 26 tháng 12 năm 2016 do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 77/2014/TT-BTC ngày 16 tháng 6 năm 2014 hướng dẫn một số điều của Nghị định số 46/2014/NĐ-CP ngày 15 tháng 5 năm 2014 của Chính phủ quy định về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước. Cụ thể:

“Điều 3. Bổ sung Khoản 4, Khoản 4a vào Điều 6

….

2. Bổ sung Khoản 4a vào Điều 6 như sau:

“4a. Trường hợp dự án đầu tư (được Nhà nước giao đất, cho thuê đất không thông qua hình thức đấu giá theo quy định của Luật Đất đai năm 2013) có hình thức sử dụng đất hỗn hợp (giao đất có thu tiền sử dụng đất, giao đất không thu tiền sử dụng đất, cho thuê đất) mà nhà đầu tư tự nguyện ứng trước tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng thì việc khấu trừ tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt được tính theo từng loại diện tích. Chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng của phần diện tích đất sử dụng vào mục đích công cộng được giao đất không thu tiền sử dụng đất được phân bổ vào các phần diện tích đất tính thu tiền sử dụng đất, tiền thuê đất theo tỷ lệ diện tích của từng phần trong tổng diện tích phải thực hiện nộp tiền sử dụng đất, tiền thuê đất để thực hiện khấu trừ theo quy định; số tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng còn lại (nếu có) được tính vào vốn đầu tư của dự án.

Không thực hiện phân bổ tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng quy định tại Khoản này vào tiền thuê đất của phần diện tích xây dựng công trình ngầm (không phải là phần ngầm của công trình xây dựng trên mặt đất) hoặc của phần ngầm công trình xây dựng trên mặt đất mà có phần diện tích xây dựng công trình ngầm vượt ra ngoài phần diện tích đất trên bề mặt.

Ví dụ:

Dự án khu đô thị A có tổng diện tích đất là 100 ha; trong đó: đất giao có thu tiền sử dụng đất là 50ha, đất thuê trả tiền thuê đất một lần cho cả thời gian thuê là 30ha, đất sử dụng vào mục đích công cộng được giao đất không thu tiền sử dụng đất là 20 ha. Tổng chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt được khấu trừ vào nghĩa vụ tài chính tiền sử dụng đất, tiền thuê đất của dự án theo quy định là 1.000 tỷ đồng; số tiền sử dụng đất phải nộp của phần diện tích đất giao có thu tiền sử dụng đất là 800 tỷ đồng, số tiền thuê đất phải nộp một lần là 350 tỷ đồng. Việc phân bổ số tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng và thực hiện khấu trừ cụ thể như sau:

- Chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng tính cho 01 ha đất của dự án là 1.000 tỷ đồng: 100 ha = 10 tỷ đồng/ha; theo đó:

+ Chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng của phần diện tích đất được giao đất có thu tiền sử dụng đất: 10 tỷ đồng/ha x 50 ha = 500 tỷ đồng.

+ Chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng của phần diện tích đất được thuê trả tiền một lần cho cả thời gian thuê: 10 tỷ đồng/ha x 30 ha = 300 tỷ đồng.

+ Chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng của phần diện tích đất sử dụng vào mục đích công cộng được Nhà nước giao đất không thu tiền sử dụng đất: 10 tỷ đồng/ha x 20 ha = 200 tỷ đồng.

- Phân bổ chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng của phần diện tích đất sử dụng vào mục đích công cộng (200 tỷ đồng) vào các phần diện tích còn lại như sau:

+ Phân bổ cho diện tích giao đất có thu tiền sử dụng đất:

50 ha : (50 ha + 30 ha) x 200 tỷ đồng = 125 tỷ đồng

+ Phân bổ cho diện tích cho thuê đất trả tiền thuê đất một lần cho cả thời gian thuê:

30 ha (50 ha + 30 ha) x 200 tỷ đồng = 75 tỷ đồng

- Việc khấu trừ chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng tương ứng với từng loại diện tích như sau:

+ Chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng của dự án phân bổ cho phần diện tích đất tính thu tiền sử dụng đất và được khấu trừ vào tiền sử dụng đất phải nộp: 500 tỷ đồng + 125 tỷ đồng = 625 tỷ đồng; số tiền sử dụng đất còn phải nộp: 800 tỷ đồng - 625 tỷ đồng = 175 tỷ đồng.

+ Chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng của dự án phân bổ cho phần diện tích tính thu tiền thuê đất và được khấu trừ vào tiền thuê đất phải nộp: 300 tỷ đồng + 75 tỷ đồng = 375 tỷ đồng. Do số tiền thuê đất phải nộp là 350 tỷ đồng nên chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng của dự án phân bổ cho phần diện tích tính thu tiền thuê đất còn lại chưa được khấu trừ hết là 25 tỷ đồng được tính vào vốn đầu tư của dự án.”