Tại điểm c khoản 12 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015 của Bộ Tài chính (sửa đổi, bổ sung Khoản 5 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013) hướng dẫn về hoàn thuế GTGT như sau:

“5. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế giá trị gia tăng khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động có số thuế giá trị gia tăng nộp thừa hoặc số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết.”

Cơ sở kinh doanh trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh nhưng phải giải thể, phá sản hoặc chấm dứt hoạt động chưa phát sinh thuế giá trị gia tăng đầu ra của hoạt động kinh doanh chính theo dự án đầu tư thì chưa phải điều chỉnh lại số thuế giá trị gia tăng đã kê khai, khấu trừ hoặc đã được hoàn. Cơ sở kinh doanh phải thông báo với cơ quan thuế quản lý trực tiếp về việc giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động theo quy định.

Trường hợp cơ sở kinh doanh sau khi làm đầy đủ thủ tục theo quy định của pháp luật về giải thể, phá sản thì đối với số thuế GTGT đã được hoàn thực hiện theo quy định của pháp luật về giải thể, phá sản và quản lý thuế; đối với số thuế GTGT chưa được hoàn thì không được giải quyêt hoàn thuế.

Trường hợp cơ sở kinh doanh chấm dứt hoạt động và không phát sinh thuế GTGT đầu ra của hoạt động kinh doanh chính thì phải nộp lại số thuế đã được hoàn vào ngân sách nhà nước. Trường hợp có phát sinh bán tài sản chịu thuế GTGT thì không phải điều chỉnh lại số thuế GTGT đầu vào tương ứng của tài sản bán ra.”

Tại Điều 13 Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/3/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ như sau:

“...Trường hợp doanh nghiệp sau khi đã giải thể, phá sản, đã quyết toán thuế, đã đóng mã số thuế, phát sinh thanh lý tài sản cần có hóa đơn để giao cho người mua được cơ quan thuế cấp hóa đơn lẻ là loại hóa đơn bán hàng".

Căn cứ các hướng dẫn nêu trên, đối với cơ sở kinh doanh trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh nhưng phải giải thể, phá sản hoặc chấm dứt hoạt động chưa phát sinh thuế giá trị gia tăng đầu ra của hoạt động kinh doanh chính theo dự án đầu tư thì chưa phải điều chỉnh lại số thuế giá trị gia tăng đã kê khai, khấu trừ hoặc đã được hoàn. Trường hợp doanh nghiệp sau khi đã giải thể, phá sản, đã quyết toán thuế, đã đóng mã số thuế, phát sinh thanh lý tài sản cần có hoá đơn để giao cho người mua được cơ quan thuế cấp hóa đơn lẻ là loại hóa đơn bán hàng và kê khai, nộp thuế GTGT theo quy định.