Căn cứ Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn một số Điều của Luật quản lý thuế quy định về khai thuế giá trị gia tăng (GTGT):

+ Tại Khoản 1c Điều 11 quy định:

“…

Trường hợp các đơn vị trực thuộc của cơ sở kinh doanh nông, lâm, thủy sản đã đăng ký, thực hiện kê khai nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, có thu mua hàng hóa là nông, lâm, thủy sản để điều chuyển, xuất bán về trụ sở chính của cơ sở kinh doanh thì khi điều chuyển, xuất bán, đơn vị trực thuộc sử dụng phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ, không sử dụng hóa đơn GTGT.

+ Tại Khoản 1d Điều 11 quy định:

“…

d) Trường hợp người nộp thuế kê khai, nộp thuế theo phương pháp khấu trừ có cơ sở sản xuất trực thuộc (bao gồm cả cơ sở gia công, lắp ráp) không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu đóng trên địa bàn cấp tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính thì:

Nếu cơ sở sản xuất trực thuộc có hạch toán kế toán thì phải đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ tại địa phương nơi sản xuất, khi điều chuyển bán thành phẩm hoặc thành phẩm, kể cả xuất cho trụ sở chính phải sử dụng hóa đơn giá trị gia tăng làm căn cứ kê khai, nộp thuế tại địa phương nơi sản xuất.

Nếu cơ sở sản xuất trực thuộc không thực hiện hạch toán kế toán thì người nộp thuế thực hiện khai thuế tại trụ sở chính và nộp thuế cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc, số thuế giá trị gia tăng phải nộp cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc được xác định theo tỷ lệ 2% (đối với hàng hóa chịu thuế suất thuế GTGT 10%) hoặc theo tỷ lệ 1% (đối với hàng hóa chịu thuế suất thuế GTGT 5%) trên doanh thu theo giá chưa có thuế GTGT của sản phẩm sản xuất ra. Việc xác định doanh thu của sản phẩm sản xuất ra được xác định trên cơ sở giá thành sản phẩm hoặc doanh thu của sản phẩm cùng loại tại địa phương nơi có cơ sở sản xuất.

Trường hợp tổng số thuế giá trị gia tăng phải nộp cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc do người nộp thuế xác định theo nguyên tắc nêu trên lớn hơn số thuế giá trị gia tăng phải nộp của người nộp thuế tại trụ sở chính thì người nộp thuế tự phân bổ số thuế phải nộp cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc như sau: Số thuế giá trị gia tăng phải nộp cho địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc được xác định bằng (=) số thuế giá trị gia tăng phải nộp của người nộp thuế tại trụ sở chính nhân (x) với tỷ lệ (%) giữa doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm do cơ sở trực thuộc sản xuất ra hoặc sản phẩm cùng loại tại địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc trên tổng doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm sản xuất ra của toàn doanh nghiệp. Nếu người nộp thuế không phát sinh số thuế phải nộp tại trụ sở chính thì người nộp thuế không phải nộp thuế cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất.

Người nộp thuế phải lập và gửi “Bảng phân bổ thuế GTGT cho địa phương nơi đóng trụ sở chính và cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc không thực hiện hạch toán kế toán” theo mẫu số 01- 6/GTGT kèm theo Thông tư này cùng với hồ sơ khai thuế tới cơ quan thuế quản lý trực tiếp, đồng thời gửi một bản Bảng phân bổ mẫu số 01- 6/GTGT nêu trên tới các cơ quan thuế quản lý trực tiếp cơ sở sản xuất trực thuộc.

Căn cứ số thuế giá trị gia tăng được phân bổ giữa địa phương nơi đóng trụ sở chính của người nộp thuế và các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc trên Bảng phân bổ theo mẫu số 01-6/GTGT nêu trên, người nộp thuế lập chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng cho địa phương nơi có trụ sở chính và từng địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc. Trên chứng từ nộp thuế phải ghi rõ nộp vào tài khoản thu ngân sách nhà nước tại Kho bạc nhà nước đồng cấp với cơ quan thuế nơi trụ sở chính đăng ký kê khai thuế và địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc.

…”

Căn cứ Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài Chính hướng dẫn về thuế GTGT;

Căn cứ Điểm 2.6b Phụ lục 4 Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/03/2014 của Bộ Tài Chính hướng dẫn về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ quy định hóa đơn bán hàng hóa dịch vụ đối với một số trường hợp:

“b) Sử dụng Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ kèm theo Lệnh điều động nội bộ; Sử dụng Phiếu xuất kho hàng gửi bán đại lý theo quy định đối với hàng hóa xuất cho cơ sở làm đại lý kèm theo Lệnh điều động nội bộ.

…”

Trường hợp Công ty trụ sở chính tại TP.Hồ Chí Minh có Chi nhánh (sản xuất và gia công) tại thị xã Tân Uyên, Tỉnh Bình Dương hạch toán phụ thuộc, đăng ký kê khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ khi điều chuyển nguyên vật liệu để sản xuất từ Công ty về Chi nhánh hoặc ngược lại sử dụng phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ (không sử dụng hóa đơn GTGT), kèm theo lệnh điều động nội bộ, trên Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ, lệnh điều động nội bộ phải được đóng dấu theo quy định.

Trường hợp sản phẩm không phải là sản phẩm qua sơ chế thông thường, xuất chuyển giao về trụ sở chính thì Chi nhánh phải lập hóa đơn GTGT, kê khai nộp thuế cho Cơ quan thuế trực tiếp quản lý Chi nhánh theo quy định.