Căn cứ Thông tư số 111/2013/TT-BTC ngày 15/08/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế TNCN:

+ Tại Khoản 1, 2 Điều 1 quy định về người nộp thuế:

“1. Cá nhân cư trú là người đáp ứng một trong các điều kiện sau đây:

a) Có mặt tại Việt Nam từ 183 ngày trở lên tính trong một năm dương lịch hoặc trong 12 tháng liên tục kể từ ngày đầu tiên có mặt tại Việt Nam, trong đó ngày đến và ngày đi được tính là một (01) ngày. Ngày đến và ngày đi được căn cứ vào chứng thực của cơ quan quản lý xuất nhập cảnh trên hộ chiếu (hoặc giấy thông hành) của cá nhân khi đến và khi rời Việt Nam. Trường hợp nhập cảnh và xuất cảnh trong cùng một ngày thì được tính chung là một ngày cư trú.

Cá nhân có mặt tại Việt Nam theo hướng dẫn tại điểm này là sự hiện diện của cá nhân đó trên lãnh thổ Việt Nam.

b) Có nơi ở thường xuyên tại Việt Nam theo một trong hai trường hợp sau:

b.1) Có nơi ở thường xuyên theo quy định của pháp luật về cư trú

b1.1) Đối với công dân Việt Nam: nơi ở thường xuyên là nơi cá nhân sinh sống thường xuyên, ổn định không có thời hạn tại một chỗ ở nhất định và đã đăng ký thường trú theo quy định của pháp luật về cư trú.

…

Trường hợp cá nhân có nơi ở thường xuyên tại Việt Nam theo quy định tại khoản này nhưng thực tế có mặt tại Việt Nam dưới 183 ngày trong năm tính thuế mà cá nhân không chứng minh được là cá nhân cư trú của nước nào thì cá nhân đó là cá nhân cư trú tại Việt Nam.

Việc chứng minh là đối tượng cư trú của nước khác được căn cứ vào Giấy chứng nhận cư trú, trường hợp cá nhân thuộc nước hoặc vùng lãnh thổ đã ký kết Hiệp định thuế với Việt Nam không có quy định cấp Giấy chứng nhận cư trú thì cá nhân cung cấp bản chụp Hộ chiếu để chứng minh thời gian cư trú.

2. Cá nhân không cư trú là người không đáp ứng điều kiện nêu tại Khoản 1, Điều này.”

+ Tại Khoản 1, Khoản 2 Điều 25 Thông tư số 111/2013/TT-BTC ngày 15/08/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện Luật Thuế thu nhập cá nhân quy định về khấu trừ thuế và chứng từ khấu trừ thuế:

“Khấu trừ thuế là việc tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện tính trừ số thuế phải nộp vào thu nhập của người nộp thuế trước khi trả thu nhập, cụ thể như sau:

…

b) Thu nhập từ tiền lương, tiền công

b.1) Đối với cá nhân cư trú ký hợp đồng lao động từ ba (03) tháng trở lên thì tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện khấu trừ thuế theo Biểu thuế lũy tiến từng phần, kể cả trường hợp cá nhân ký hợp đồng từ ba (03) tháng trở lên tại nhiều nơi.

b.2) Đối với cá nhân cư trú ký hợp đồng lao động từ ba (03) tháng trở lên nhưng nghỉ làm trước khi kết thúc hợp đồng lao động thì tổ chức, cá nhân trả thu nhập vẫn thực hiện khấu trừ thuế theo Biểu thuế lũy tiến từng phần.

…”

“Tổ chức, cá nhân trả các khoản thu nhập đã khấu trừ thuế theo hướng dẫn tại Khoản 1, Điều này phải cấp chứng từ khấu trừ thuế theo yêu cầu của cá nhân bị khấu trừ. Trường hợp cá nhân ủy quyền quyết toán thuế thì không cấp chứng từ khấu trừ.

…”

+ Tại Điểm e.1 Khoản 2 Điều 26 quy định về khai thuế, quyết toán thuế:

“Trường hợp cá nhân cư trú có thu nhập phát sinh tại nước ngoài đã tính và nộp thuế TNCN theo quy định của nước ngoài thì được trừ số thuế đã nộp ở nước ngoài, số thuế được trừ không vượt quá số thuế phải nộp tính theo biểu thuế của Việt Nam tính phân bổ cho phần thu nhập phát sinh tại nước ngoài. Tỷ lệ phân bổ được xác định bằng tỷ lệ giữa số thu nhập phát sinh tại nước ngoài và tổng thu nhập chịu thuế.”

Căn cứ Điểm b.2, Khoản 3 Điều 21 Thông tư số 92/2015/TT- BTC ngày 15/06/2015 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Điều 16 của Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 quy định:

“Hồ sơ khai quyết toán

b.2.1) Cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công không thuộc trường hợp được ủy quyền cho tổ chức, cá nhân trả thu nhập quyết toán thuế thay thì khai quyết toán thuế trực tiếp với cơ quan thuế theo mẫu sau:

- Tờ khai quyết toán thuế mẫu số 02/QTT-TNCN ban hành kèm theo Thông tư số 92/2015/TT-BTC.

- Phụ lục mẫu số 02-1/BK-QTT-TNCN ban hành kèm theo Thông tư số 92/2015/TT-BTC nếu có đăng ký giảm trừ gia cảnh cho NPT.

- Bản chụp các chứng từ chứng minh số thuế đã khấu trừ, đã tạm nộp trong năm, số thuế đã nộp ở nước ngoài (nếu có). Cá nhân cam kết chịu trách nhiệm về tính chính xác của các thông tin trên bản chụp đó. Trường hợp tổ chức trả thu nhập không cấp chứng từ khấu trừ thuế cho cá nhân do tổ chức trả thu nhập đã chấm dứt hoạt động thì cơ quan thuế căn cứ cơ sở dữ liệu của ngành thuế để xem xét xử lý hồ sơ quyết toán thuế cho cá nhân mà không bắt buộc phải có chứng từ khấu trừ thuế.

Trường hợp, theo quy định của luật pháp nước ngoài, cơ quan thuế nước ngoài không cấp giấy xác nhận số thuế đã nộp, người nộp thuế có thể nộp bản chụp Giấy chứng nhận khấu trừ thuế (ghi rõ đã nộp thuế theo tờ khai thuế thu nhập nào) do cơ quan trả thu nhập cấp hoặc bản chụp chứng từ ngân hàng đối với số thuế đã nộp ở nước ngoài có xác nhận của người nộp thuế.

- Bản chụp các hóa đơn chứng từ chứng minh khoản đóng góp vào quỹ từ thiện, quỹ nhân đạo, quỹ khuyến học (nếu có).

- Trường hợp cá nhân nhận thu nhập từ các tổ chức Quốc tế, Đại sứ quán, Lãnh sự quán và nhận thu nhập từ nước ngoài phải có tài liệu chứng minh về số tiền đã trả của đơn vị, tổ chức trả thu nhập ở nước ngoài.”

Trường hợp Công ty theo trình bày, có người lao động là người Việt Nam làm việc tại Công ty từ tháng 4/2018 cho đến thời điểm quyết toán thuế năm 2018, trước đó cá nhân này làm việc tại Nhật Bản thì cá nhân này được xác định là cá nhân cư trú tại Việt Nam trong năm 2018 có thu nhập ở 2 nơi nên không thuộc trường hợp ủy quyền cho Công ty quyết toán, cá nhân tổng hợp thu nhập toàn cầu kê khai, quyết toán thuế TNCN tại Việt Nam, số thuế TNCN đã nộp tại Nhật Bản đối với thu nhập phát sinh tại Nhật Bản được trừ vào số thuế TNCN phải nộp tại Việt Nam khi thực hiện quyết toán thuế năm nếu có chứng từ chứng minh số thuế đã nộp tại Nhật Bản (cá nhân thực hiện quyết toán thuế năm theo mẫu số 02/QTT-TNCN ban hành theo Thông tư số 92/2015/TT-BTC, kê khai thu nhập toàn cầu trực tiếp với cơ quan thuế), số thuế TNCN nộp tại Nhật Bản được trừ không vượt quá số thuế TNCN phải nộp tính theo biểu thuế của Việt Nam theo quy định tại Điểm e.1 Khoản 2 Điều 26 Thông tư số 111/2013/TT-BTC.