Căn cứ vào Khoản 4 Điều 26 Thông tư số 111/2013/TT-BTC:

“Điều 26. Khai thuế, quyết toán thuế

…

4. Khai thuế đối với thu nhập từ hoạt động chuyển nhượng vốn (trừ chuyển nhượng chứng khoán)

a) Cá nhân cư trú chuyển nhượng vốn góp thực hiện khai thuế theo từng lần chuyển nhượng không phân biệt có hay không phát sinh thu nhập.

b) Cá nhân không cư trú có thu nhập từ chuyển nhượng vốn góp tại Việt Nam không phải khai thuế trực tiếp với cơ quan thuế mà tổ chức, cá nhân nhận chuyển nhượng thực hiện khấu trừ thuế theo hướng dẫn tại Điểm e, Khoản 1, Điều 25 Thông tư này và khai thuế theo từng lần phát sinh.

c) Doanh nghiệp làm thủ tục thay đổi danh sách thành viên góp vốn trong trường hợp chuyển nhượng vốn mà không có chứng từ chứng minh cá nhân chuyển nhượng vốn đã hoàn thành nghĩa vụ thuế thì doanh nghiệp nơi cá nhân chuyển nhượng vốn có trách nhiệm khai thuế, nộp thuế thay cho cá nhân.

Trường hợp doanh nghiệp nơi cá nhân chuyển nhượng vốn nộp thuế thay cho cá nhân thì doanh nghiệp thực hiện khai thay hồ sơ khai thuế thu nhập cá nhân. Doanh nghiệp khai thay ghi thêm “Khai thay” vào phần trước cụm từ “Người nộp thuế hoặc Đại diện hợp pháp của người nộp thuế” đồng thời người khai ký, ghi rõ họ tên và đóng dấu của doanh nghiệp. Trên hồ sơ tính thuế, chứng từ thu thuế vẫn phải thể hiện đúng người nộp thuế là cá nhân chuyển nhượng vốn góp (trường hợp là chuyển nhượng vốn của cá nhân cư trú) hoặc cá nhân nhận chuyển nhượng vốn (trường hợp là chuyển nhượng vốn của cá nhân không cư trú).”

Theo quy định trên cho thấy, có hai trường hợp xảy ra:

- Nếu công ty của bạn đã làm thủ tục thay đổi danh sách thành viên góp vốn trong trường hợp chuyển nhượng vốn mà không có chứng từ chứng minh cá nhân chuyển nhượng vốn đã hoàn thành nghĩa vụ thuế thì theo quy định trên công ty bạn phải có trách nhiệm khai thuế, nộp thuế thu nhập cá nhân thay cho cá nhân. Trong trường hợp đó, yêu cầu của cơ quan thuế là chính xác vì lỗi của công ty bạn.

- Nếu công ty của bạn đã làm thủ tục thay đổi danh sách thành viên góp vốn trong trường hợp chuyển nhượng vốn và có thu giữ các chứng từ chứng minh cá nhân chuyển nhượng vốn đã hoàn thành nghĩa vụ thuế thì lúc này yêu cầu của cơ quan thuế là sai vì không thể đánh thuế hai lần trên cùng một khoản thu nhập từ hành vi chuyển nhượng vốn.

Do vậy, công ty bạn cần phải kiểm tra lại và có phản hồi hợp lý với cơ quan thuế và thực hiện đúng trách nhiệm tài chính của mình.