Căn cứ quy định tại Khoản 7 Điều 16 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13 thì:

“Điều 16. Miễn thuế

…

7. Nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu được miễn thuế nhập khẩu”.

Căn cứ quy định tại Điều 12 Nghị định 134/2016/NĐ-CP ngày 01/09/2016 của Chính phủ thì:

“Điều 12. Miễn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu

1. Nguyên liệu, vật tư, linh kiện, bán thành phẩm, sản phẩm hoàn chỉnh nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu được miễn thuế nhập khẩu theo quy định tại Khoản 7 Điều 16 Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, bao gồm:

a) Nguyên liệu, vật tư (bao gồm cả vật tư làm bao bì hoặc bao bì để đóng gói sản phẩm xuất khẩu), linh kiện, bán thành phẩm nhập khẩu trực tiếp cấu thành sản phẩm xuất khẩu hoặc tham gia trực tiếp vào quá trình sản xuất hàng hóa xuất khẩu nhưng không trực tiếp chuyển hóa thành hàng hóa;

b) Sản phẩm hoàn chỉnh nhập khẩu để gắn, lắp ráp vào sản phẩm xuất khẩu hoặc đóng chung thành mặt hàng đồng bộ với sản phẩm xuất khẩu;

c) Linh kiện, phụ tùng nhập khẩu để bảo hành cho sản phẩm xuất khẩu;

d) Hàng hóa nhập khẩu không sử dụng để mua bán, trao đổi hoặc tiêu dùng mà chỉ dùng làm hàng mẫu.

2. Cơ sở để xác định hàng hóa được miễn thuế:

a) Tổ chức, cá nhân sản xuất hàng hóa xuất khẩu có cơ sở sản xuất hàng hóa xuất khẩu trên lãnh thổ Việt Nam; có quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng đối với máy móc, thiết bị tại cơ sở sản xuất phù hợp với nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu và thực hiện thông báo cơ sở sản xuất theo quy định của pháp luật về hải quan;

b) Nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu được sử dụng để sản xuất sản phẩm đã xuất khẩu.

Trị giá hoặc lượng nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu được miễn thuế là trị giá hoặc lượng nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu thực tế được sử dụng để sản xuất sản phẩm thực tế xuất khẩu, được xác định khi quyết toán việc quản lý, sử dụng nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để sản xuất sản phẩm xuất khẩu theo quy định của pháp luật về hải quan.

Khi quyết toán, người nộp thuế có trách nhiệm kê khai chính xác, trung thực trị giá hoặc lượng nguyên liệu, vật tư, linh kiện xuất khẩu thực tế sử dụng để sản xuất sản phẩm gia công thực tế nhập khẩu đã được miễn thuế khi làm thủ tục hải quan.

3. Hồ sơ, thủ tục miễn thuế thực hiện theo quy định tại Điều 31 Nghị định này.”

Đồng thời, căn cứ quy định tại Khoản 1 Điều 45 Luật Doanh nghiệp số 68/2014/QH13 thì: “Chi nhánh là đơn vị phụ thuộc của doanh nghiệp, có nhiệm vụ thực hiện toàn bộ hoặc một phần chức năng của doanh nghiệp kể cả chức năng đại diện theo ủy quyền. Ngành, nghề kinh doanh của chi nhánh phải đúng với ngành, nghề kinh doanh của doanh nghiệp”

Theo đó, căn cứ vào các quy định trên cho thấy, công ty bạn nhập khẩu nguyên liệu, vật tư theo loại hình sản xuất xuất khẩu sau đó chuyển giao cho các chi nhánh phụ thuộc thực hiện việc sản xuất và nhận lại sản phẩm để xuất khẩu sản phẩm cuối cùng thì được miễn thuế theo quy định tại Khoản 7 Điều 16 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13, Điều 12 Nghị định 134/2016/NĐ-CP đối với phần nguyên liệu, vật tư đã chuyển giao cho các chi nhánh phụ thuộc để sản xuất sản phẩm, sau đó nhận lại sản phẩm để xuất khẩu sản phẩm. Tuy nhiên, cần lưu ý là hàng hóa công ty xuất khẩu không được miễn thuế xuất khẩu nên công ty vẫn phải kê khai và nộp thuế xuất khẩu cho hàng hóa đó.