- Căn cứ Nghị định số 218/2013/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp:

+ Tại Điểm b Khoản 1, Khoản 6 Điều 15 quy định về thuế suất ưu đãi:

“Điều 15. Thuế suất ưu đãi

1. Thuế suất ưu đãi 10% trong thời hạn 15 năm áp dụng đối với:

...b) Thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới thuộc các lĩnh vực: Nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ; ứng dụng công nghệ cao thuộc danh mục công nghệ cao được ưu tiên đầu tư phát triển theo quy định của Luật công nghệ cao; ươm tạo công nghệ cao, ươm tạo doanh nghiệp công nghệ cao; đầu tư mạo hiểm cho phát triển công nghệ cao thuộc danh mục công nghệ cao được ưu tiên phát triển theo quy định của pháp luật về công nghệ cao; đầu tư xây dựng - kinh doanh cơ sở ươm tạo công nghệ cao, ươm tạo doanh nghiệp công nghệ cao; đầu tư phát triển nhà máy nước, nhà máy điện, hệ thống cấp thoát nước; cầu, đường bộ, đường sắt; cảng hàng không, cảng biển, cảng sông; sân bay, nhà ga và công trình cơ sở hạ tầng đặc biệt quan trọng khác do Thủ tướng Chính phủ quyết định; sản xuất sản phẩm phần mềm; sản xuất vật liệu composit, các loại vật liệu xây dựng nhẹ, vật liệu quý hiếm; sản xuất năng lượng tái tạo, năng lượng sạch, năng lượng từ việc tiêu hủy chất thải; phát triển công nghệ sinh học.

Dự án đầu tư sản xuất sản phẩm phần mềm quy định tại Điểm này là dự án đầu tư sản xuất sản phẩm phần mềm thuộc danh mục sản phẩm phần mềm và đáp ứng quy trình về sản xuất sản phẩm phần mềm theo quy định của pháp luật;

...6. Thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi quy định tại Điều này được tính liên tục từ năm đầu tiên doanh nghiệp có doanh thu từ dự án đầu tư mới; đối với doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao được tính từ ngày được công nhận là doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao; đối với dự án ứng dụng công nghệ cao được tính từ ngày được cấp giấy chứng nhận dự án ứng dụng công nghệ cao.”

+ Tại Khoản 4 Điều 16 quy định về miễn thuế, giảm thuế:

“4. Thời gian miễn thuế, giảm thuế quy định tại Điều này được tính liên tục từ năm đầu tiên có thu nhập chịu thuế từ dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế, trường hợp không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu, kể từ năm đầu tiên có doanh thu từ dự án đầu tư mới thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư. Thời gian miễn thuế, giảm thuế đối với doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao tại Khoản 1 Điều này được tính từ thời điểm được công nhận là doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao.

Trường hợp, trong kỳ tính thuế đầu tiên mà dự án đầu tư mới của doanh nghiệp có thời gian hoạt động sản xuất, kinh doanh được miễn thuế, giảm thuế dưới 12 (mười hai) tháng, doanh nghiệp được lựa chọn hưởng miễn thuế, giảm thuế đối với dự án đầu tư mới ngay kỳ tính thuế đó hoặc đăng ký với cơ quan thuế thời gian bắt đầu được miễn thuế, giảm thuế từ kỳ tính thuế tiếp theo.”

- Căn cứ Khoản 16 Điều 1 Nghị định số 12/2015/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của các Luật về thuế và sửa đổi, bổ sung một số điều của các Nghị định về thuế, quy định sửa đổi, bổ sung Điểm a Khoản 1 Điều 16 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP về miễn thuế 4 năm, giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo:

“16. Sửa đổi, bổ sung Điểm a Khoản 1 Điều 16 như sau:

“a) Thu nhập của doanh nghiệp quy định tại Khoản 1 Điều 15 Nghị định này.”

- Căn cứ Khoản 3 Điều 10 Thông tư số 96/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính, quy định:

“3. Sửa đổi, bổ sung Khoản 5 Điều 18 Thông tư số 78/2014/TT-BTC (đã được sửa đổi, bổ sung tại Điều 5 Thông tư số 151/2014/TT-BTC) như sau:

“5.Về dự án đầu tư mới:

a) Dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp quy định tại Điều 15, Điều 16 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP là:

...- Dự án đầu tư trong nước gắn với việc thành lập doanh nghiệp mới có vốn đầu tư dưới 15 tỷ đồng Việt Nam và không thuộc Danh mục lĩnh vực đầu tư có điều kiện được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp từ ngày 01/01/2014.

…”

- Căn cứ Điều 18 Thông tư số 78/2014/TT-BTCcủa Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ quy định và hướng dẫn thi hành Luật thuế thu nhập doanh nghiệp quy định điều kiện áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp:

“1. Các ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp chỉ áp dụng đối với doanh nghiệp thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ và nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo kê khai.

2. Trong thời gian đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp nếu doanh nghiệp thực hiện nhiều hoạt động sản xuất, kinh doanh thì doanh nghiệp phải tính riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (bao gồm mức thuế suất ưu đãi, mức miễn thuế, giảm thuế) và thu nhập từ hoạt động kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế để kê khai nộp thuế riêng...”

- Căn cứ Nghị định số 71/2007/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thực hiện một số điều của Luật Công nghệ thông tin về công nghiệp công nghệ thông tin;

- Căn cứ Thông tư số09/2013/TT-BTTTT của Bộ Thông tin và Truyền thông ban hành danh mục sản phẩm phần mềm và phần cứng, điện tử.

- Căn cứ Thông tư số16/2014/TT-BTTTT của Bộ Thông tin và Truyền thông quy định việc xác định hoạt động sản xuất sản phẩm phần mềm:

+ Tại Khoản 3 Điều 3 giải thích từ ngữ về hoạt động sản xuất phần mềm:

“3. Hoạt động sản xuất sản phẩm phần mềm đáp ứng đúng quy trình là hoạt động của tổ chức, doanh nghiệp, cá nhân có tư cách pháp nhân theo quy định pháp luật, tham gia thực hiện một hoặc nhiều công đoạn trong quy trình sản xuất sản phẩm phần mềm nhằm tạo mới hoặc nâng cấp, chỉnh sửa, hoàn thiện sản phẩm phần mềm”.

+ Tại Điều 5 quy định về quy trình sản xuất sản phẩm phần mềm:

“Quy trình sản xuất sản phẩm phần mềm bao gồm 07 công đoạn sau:

1. Xác định yêu cầu, bao gồm một trong những tác nghiệp như: khảo sát yêu cầu của khách hàng, phân tích nghiệp vụ; thu thập, xây dựng yêu cầu; tư vấn điều chỉnh quy trình; thống nhất yêu cầu, xét duyệt yêu cầu.

2. Phân tích và thiết kế, bao gồm một trong những tác nghiệp như: đặc tả yêu cầu; thiết lập bài toán phát triển; mô hình hóa dữ liệu; mô hình hóa chức năng; mô hình hóa luồng thông tin; xác định giải pháp phần mềm; thiết kế hệ thống phần mềm; thiết kế các đơn vị, mô đun phần mềm.

3. Lập trình, viết mã lệnh, bao gồm một trong những tác nghiệp như: viết chương trình phần mềm; lập trình các đơn vị, mô đun phần mềm; chỉnh sửa, tùy biến, tinh chỉnh phần mềm; tích hợp các đơn vị phần mềm; tích hợp hệ thống phần mềm.

4. Kiểm tra, thử nghiệm phần mềm, bao gồm một trong những tác nghiệp như: xây dựng các kịch bản kiểm tra, thử nghiệm các đơn vị mô đun phần mềm; thử nghiệm phần mềm; kiểm thử hệ thống phần mềm; kiểm thử chức năng phần mềm; thẩm định chất lượng phần mềm; đánh giá khả năng gây lỗi; xác định thỏa mãn yêu cầu khách hàng; nghiệm thu phần mềm.

5. Hoàn thiện, đóng gói phần mềm, bao gồm một trong những tác nghiệp như: xây dựng tài liệu mô tả phần mềm, tài liệu hướng dẫn cài đặt, sử dụng phần mềm; đóng gói phần mềm; đăng ký mẫu mã; đăng ký quyền sở hữu trí tuệ.

6. Cài đặt, chuyển giao, hướng dẫn sử dụng, bảo trì, bảo hành, phần mềm, bao gồm một trong những tác nghiệp như: hướng dẫn cài đặt phần mềm; triển khai cài đặt phần mềm; đào tạo, hướng dẫn người sử dụng; kiểm tra phần mềm sau khi bàn giao; sửa lỗi phần mềm sau bàn giao; hỗ trợ sau bàn giao, bảo hành phần mềm; bảo trì phần mềm.

7. Phát hành, phân phối sản phẩm phần mềm, bao gồm một trong những tác nghiệp như: tiếp thị, quảng bá, bán, phân phối sản phẩm phần mềm; phát hành sản phẩm phần mềm.”

+ Tại Điều 6 quy định về xác định hoạt động sản xuất sản phẩm phần mềm:

“Điều 6. Xác định hoạt động sản xuất sản phẩm phần mềm

1. Yêu cầu chung đối với tổ chức, doanh nghiệp, cá nhân sản xuất sản phẩm phần mềm:

a) Đối với tổ chức, doanh nghiệp: có giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, giấy chứng nhận đầu tư, hoặc văn bản quy định về chức năng nhiệm vụ do người có thẩm quyền cấp. Đối với cá nhân: có mã số thuế cá nhân; có kê khai thuế trong đó ghi rõ phần thu nhập từ hoạt động sản xuất phần mềm;

b) Sản phẩm phần mềm do cá nhân, tổ chức, doanh nghiệp sản xuất thuộc một trong các loại sản phẩm phần mềm được quy định trong Danh mục sản phẩm phần mềm ban hành theo Thông tư số 09/2013/TT-BTTT ngày 08 tháng 4 năm 2013 của Bộ trưởng Bộ Thông tin và Truyền thông.

2. Hoạt động của tổ chức, doanh nghiệp, cá nhân được xác định là hoạt động sản xuất sản phẩm phần mềm và đáp ứng quy trình khi tổ chức, doanh nghiệp, cá nhân đáp ứng được yêu cầu ở Khoản 1 Điều này, và hoạt động đó thuộc một hoặc nhiều trường hợp trong so các trường hợp sau:

a) Hoạt động thuộc một hoặc nhiều công đoạn trong các công đoạn từ 2 đến 4 của quy trình sản xuất sản phẩm phần mềm quy định tại các Khoản 2, 3, 4 Điều 5 Thông tư này đối với sản phẩm phần mềm nêu tại Điểm b, Khoản 1 Điều này.

b) Hoạt động nêu tại công đoạn 1, công đoạn 5 của quy trình sản xuất sản phẩm phần mềm quy định tại Khoản 1 và Khoản 5 Điều 5 Thông tư này, khi tổ chức, doanh nghiệp, cá nhân đó có hoạt động thỏa mãn quy định tại Điểm a, Khoản này đối với cùng một sản phẩm phần mềm.

c) Hoạt động thuộc công đoạn 6 của quy trình sản xuất sản phẩm phần mềm quy định tại Khoản 6 Điều 5 Thông tư này, khi tổ chức, doanh nghiệp, cá nhân đó có các hoạt động thuộc đầy đủ cả 5 công đoạn từ 1 đến 5 của quy trình sản xuất sản phẩm phần mềm quy định từ Khoản 1 đến Khoản 5 Điều 5 Thông tư này đối với cùng một sản phẩm phần mềm.”

Căn cứ các quy định trên, trường hợp Công ty bạn thực hiện hoạt động đầu tư vào việc sản xuất phầm mềm đồng thời với các hoạt động khác thì công ty bạn cần lưu ý:

- Đối với thu nhập từ hoạt động lập trình máy tính, sản xuất phần mềm và các hoạt động khác liên quan đến máy vi tính nếu đáp ứng là hoạt động sản xuất sản phẩm phần mềm quy định tại Thôngtư số 16/2014/TT-BTTTT của Bộ Thông tin và Truyền thông thì thu nhập từ các hoạt động này Công ty được hưởng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp ưu đãi 10% trong thời hạn 15 năm kể từ năm đầu tiên công ty có doanh thu từ dự án đầu tư mới; miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 4 năm, giảm 50% số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong 9 năm tiếp theo; Thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính liên tục từ năm đầu tiên công ty có thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp từ dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế, trường hợp công ty không có thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp trong ba năm đầu, kể từ năm đầu tiên có doanh thu từ dự án đầu tư mới thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư.

- Đối với hoạt động kinh doanh khác không phải là hoạt động sản xuất sản phẩm phần mềm theo quy định tại Thôngtư số 16/2014/TT-BTTTT của Bộ Thông tin và Truyền thông thì công ty không được ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với thu nhập từ các hoạt động này.

Công ty phải tính riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp và thu nhập từ hoạt động kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế để kê khai nộp thuế riêng.

Các ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp nêu trên chỉ áp dụng đối với doanh nghiệp thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ và nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo kê khai. Công ty tự xác định các điều kiện ưu đãi thuế, mức thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế, số lỗ được trừ (-) vào thu nhập tính thuế để tự kê khai và tự quyết toán thuế với cơ quan thuế.