Căn cứ Điều 3 Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016, quy định:

“Điều 3. Người nộp thuế

1. Chủ hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

2. Tổ chức nhận ủy thác xuất khẩu, nhập khẩu.

3. Người xuất cảnh, nhập cảnh có hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, gửi hoặc nhận hàng hóa qua cửa khẩu, biên giới Việt Nam.

4. Người được ủy quyền, bảo lãnh và nộp thuế thay cho người nộp thuế, bao gồm:

a) Đại lý làm thủ tục hải quan trong trường hợp được người nộp thuế ủy quyền nộp thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu;

b) Doanh nghiệp cung cấp dịch vụ bưu chính, dịch vụ chuyển phát nhanh quốc tế trong trường hợp nộp thuế thay cho người nộp thuế;

c) Tổ chức tín dụng hoặc tổ chức khác hoạt động theo quy định của Luật các tổ chức tín dụng trong trường hợp bảo lãnh, nộp thuế thay cho người nộp thuế;

d) Người được chủ hàng hóa ủy quyền trong trường hợp hàng hóa là quà biếu, quà tặng của cá nhân; hành lý gửi trước, gửi sau chuyến đi của người xuất cảnh, nhập cảnh;

đ) Chi nhánh của doanh nghiệp được ủy quyền nộp thuế thay cho doanh nghiệp;

e) Người khác được ủy quyền nộp thuế thay cho người nộp thuế theo quy định của pháp luật.

5. Người thu mua, vận chuyển hàng hóa trong định mức miễn thuế của cư dân biên giới nhưng không sử dụng cho sản xuất, tiêu dùng mà đem bán tại thị trường trong nước và thương nhân nước ngoài được phép kinh doanh hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu ở chợ biên giới theo quy định của pháp luật.

6. Người có hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng không chịu thuế, miễn thuế nhưng sau đó có sự thay đổi và chuyển sang đối tượng chịu thuế theo quy định của pháp luật.

7. Trường hợp khác theo quy định của pháp luật.

Đối với điều khoản CIF, CIF là một điều khoản giao hàng trong buôn bán hàng hóa quốc tế, CIF phân chia trách nhiệm và rủi ro giữa người mua và người bán trong mua bán hàng hóa quốc tế. Theo đó, khi sử dụng điều khoản CIF trong mua bán hàng hóa, người bán phải có trách nhiệm mang hàng từ kho người bán ra cảng, xếp hàng lên tàu và thuê phương tiện vận chuyển – book tàu biển, họ sẽ phải chịu mọi chi phí vận chuyển, mọi thủ tục xuất khẩu, thuế (nếu có), mua bảo hiểm tối thiểu cho hàng hóa cũng như các chi phí phát sinh khác. Người mua sẽ nhận hàng hóa tại cảng, làm thủ tục thông quan nhập khẩu hàng hóa, thuế nhập khẩu và chịu các chi phí phát sinh cho đến kho hàng.

Như vậy, trường hợp công ty A làm đại lý nhận làm đại lý tiêu thụ hàng cho một cty nước ngoài có trụ sở tại TP.HCM, tổng hàng nhập theo điều kiện CIF là 50 tỷ đồng thì công ty nước ngoài có trụ sở tại TP.HCM là chủ thể phải nộp thuế nhập khẩu với giá tính thuế theo điều kiện CIF (giá tính thuế bằng giá tại cửa khẩu bên nước của người bán, đã bao gồm toàn bộ chi phí vận chuyển lô hàng ra cảng, thuế xuất khẩu và thuế làm thủ tục xuất khẩu; không bao gồm chi phí bỏ ra để vận chuyển hàng, chi phí bảo hiểm bằng đường biển).

Do đó, công ty A chỉ có chức năng làm đại lý, thực hiện hoạt động bán hàng hóa, không thuộc trường hợp phải nộp thuế nhập khẩu.