Cơ quan có thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp là Phòng đăng ký kinh doanh (ĐKKD) thuộc Sở Kế hoạch và Đầu tư (Cơ quan ĐKKD cấp tỉnh) nơi doanh nghiệp đặt trụ sở chính.

Ví dụ, nếu đặt trụ sở chính tại thành phố Nha Trang (tỉnh Khánh Hòa) thì người thành lập doanh nghiệp nộp hồ sơ đăng ký doanh nghiệp tại Phòng ĐKKD thuộc Sở Kế hoạch và Đầu tư tỉnh Khánh Hòa, để cơ quan này xem xét cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp. 

Phòng ĐKKD có thể tổ chức các điểm tiếp nhận hồ sơ và trả kết quả thuộc Phòng ĐKKD tại các địa điểm khác nhau trên địa bàn cấp tỉnh. Thành phố Hà Nội, Thành phố Hồ Chí Minh có thể thành lập thêm một hoặc hai Phòng ĐKKD và được đánh số theo thứ tự. Việc thành lập thêm Phòng ĐKKD do Ủy ban nhân dân thành phố quyết định sau khi thống nhất với Bộ Kế hoạch và Đầu tư.

Phòng ĐKKD có nhiệm vụ, quyền hạn như sau:

(i) Trực tiếp nhận hồ sơ đăng ký doanh nghiệp; xem xét tính hợp lệ của hồ sơ đăng ký doanh nghiệp và cấp hoặc từ chối cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp.

(ii) Phối hợp xây dựng, quản lý, vận hành Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp; thực hiện việc chuẩn hóa dữ liệu, cập nhật dữ liệu đăng ký doanh nghiệp tại địa phương sang Cơ sở dữ liệu quốc gia về đăng ký doanh nghiệp.

(iii) Cung cấp thông tin về đăng ký doanh nghiệp lưu giữ tại Cơ sở dữ liệu quốc gia về đăng ký doanh nghiệp trong phạm vi địa phương quản lý cho Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, Cục thuế địa phương, các cơ quan có liên quan và các tổ chức, cá nhân có yêu cầu theo quy định của pháp luật.

(iv) Yêu cầu doanh nghiệp báo cáo về việc tuân thủ các quy định của Luật Doanh nghiệp theo quy định tại Điểm c Khoản 1 Điều 209 Luật Doanh nghiệp năm 2014.

(v) Trực tiếp kiểm tra hoặc đề nghị cơ quan nhà nước có thẩm quyền kiểm tra doanh nghiệp theo nội dung trong hồ sơ đăng ký doanh nghiệp; hướng dẫn cơ quan ĐKKD cấp huyện về hồ sơ, trình tự, thủ tục đăng ký hộ kinh doanh; hướng dẫn doanh nghiệp và người thành lập doanh nghiệp về hồ sơ, trình tự, thủ tục đăng ký doanh nghiệp.

(vi) Yêu cầu doanh nghiệp tạm ngừng kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đáp ứng các điều kiện kinh doanh.

(vii) Thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp.

(Viii) Đăng ký cho các loại hình khác theo quy định của pháp luật.