Khoản 1 Điều 2 Luật thuế Thu nhập doanh nghiệp năm 2008 quy định:

“1. Người nộp thuế thu nhập doanh nghiệp là tổ chức hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ có thu nhập chịu thuế theo quy định của Luật này (sau đây gọi là doanh nghiệp), bao gồm:...

d) Đơn vị sự nghiệp được thành lập theo quy định của pháp luật Việt Nam;

đ) Tổ chức khác có hoạt động sản xuất, kinh doanh có thu nhập.”

Đồng thời theo Khoản 2 Điều 1 Nghị định số 69/2008/NĐ-CP của Chính phủ về chính sách khuyến khích xã hội hóa đối với các hoạt động trong lĩnh vực giáo dục, dạy nghề, y tế, văn hóa, thể thao, môi trường quy định:

“2. Đối tượng điều chỉnh của Nghị định

a) Các cơ sở ngoài công lập được thành lập và có đủ điều kiện hoạt động theo quy định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền trong các lĩnh vực xã hội hóa;

b) Các tổ chức, cá nhân hoạt động theo Luật Doanh nghiệp có các dự án đầu tư liên doanh, liên kết hoặc thành lập các cơ sở hoạt động trong các lĩnh vực xã hội hóa có đủ điều kiện hoạt động theo quy định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền;

c) Các cơ sở sự nghiệp công lập thực hiện góp vốn, huy động vốn, liên doanh, liên kết theo quy định của pháp luật thành lập các cơ sở hạch toán độc lập hoặc doanh nghiệp hoạt động trong các lĩnh vực xã hội hóa theo quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.

(Sau đây gọi tắt là cơ sở thực hiện xã hội hóa).”

Bên cạnh đó, Điều 8 Nghị định số 69/2008/NĐ-CP quy định:

“Điều 8. Về áp dụng thuế thu nhập doanh nghiệp

Cơ sở thực hiện xã hội hóa có thu nhập từ hoạt động xã hội hóa được áp dụng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp là 10% trong suốt thời gian hoạt động.

Cơ sở thực hiện xã hội hóa mới thành lập kể từ ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 4 năm, kể từ khi có thu nhập chịu thuế và giảm 50% thuế thu nhập doanh nghiệp trong 5 năm tiếp theo.

Trường hợp cơ sở thực hiện xã hội hóa được thành lập mới kể từ ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành tại các địa bàn ưu đãi đầu tư theo quy định tại Phụ lục B ban hành kèm theo Nghị định số 108/2006/NĐ-CP ngày 22 tháng 9 năm 2006 của Chính phủ thì được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 4 năm, kể từ khi có thu nhập chịu thuế, giảm 50% thuế thu nhập doanh nghiệp trong 9 năm tiếp theo và được áp dụng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp là 10% trong suốt thời gian hoạt động.

Cơ sở thực hiện xã hội hóa được thành lập trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành được hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp theo nguyên tắc: Thời gian hưởng ưu đãi theo các quy định trước đây đã hết thì được hưởng thuế suất 10% kể từ ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành. Trường hợp thời gian hưởng ưu đãi theo quy định trước đây vẫn còn thì tiếp tục được hưởng ưu đãi theo quy định tại Nghị định này sau khi trừ đi thời gian đã được hưởng ưu đãi trước đây. Giao Bộ Tài chính hướng dẫn cụ thể đối với những trường hợp này”.

Cùng với các quy định trên, Khoản 3 Điều 15 Nghị định số 124/2008/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của luật thuế thu nhập doanh nghiệp cũng quy định:

“3. Thuế suất 10% trong suốt thời gian hoạt động áp dụng đối với phần thu nhập của doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực giáo dục - đào tạo, dạy nghề, y tế, văn hóa thể thao và môi trường (sau đây gọi chung là lĩnh vực xã hội hóa).

Danh mục các hoạt động trong lĩnh vực xã hội hóa quy định tại khoản này do Thủ tướng Chính phủ quy định.”

Khoản 2 Điều 16 Nghị định số 124/2008/NĐ-CP của Chính phủ cũng quy định:

“2. Miễn thuế 4 năm, giảm 50% số thuế phải nộp trong 5 năm tiếp theo đối với doanh nghiệp thành lập mới trong lĩnh vực xã hội hóa thực hiện tại địa bàn không thuộc danh mục địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn hoặc đặc biệt khó khăn quy định tại Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định này.”

Điểm a Khoản 10 Điều 8 Thông tư số 78/2014/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 đã quy định:

“Cơ sở thực hiện xã hội hóa là:

- Các cơ sở ngoài công lập được thành lập và có đủ điều kiện hoạt động theo quy định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền trong các lĩnh vực xã hội hóa.

- Các doanh nghiệp được thành lập để hoạt động trong các lĩnh vực xã hội hóa và có đủ điều kiện hoạt động theo quy định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.

- Các cơ sở sự nghiệp công lập thực hiện góp vốn, huy động vốn, liên doanh, liên kết theo quy định của pháp luật thành lập các cơ sở hạch toán độc lập hoặc doanh nghiệp hoạt động trong các lĩnh vực xã hội hóa theo quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.

Cơ sở xã hội hóa phải đáp ứng danh mục loại hình, tiêu chí quy mô, tiêu chuẩn theo danh mục do Thủ tướng Chính phủ quy định.”

Căn cứ các quy định nêu trên, trường đại học dân lập của anh là cơ sở thực hiện xã hội hóa theo quy định tại Nghị định số 69/2008/NĐ-CP nên thuộc diện hưởng ưu đãi miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại Điều 8 Nghị định số 69/2008/NĐ-CP và Khoản 2 Điều 16 Nghị định số 124/2008/NĐ-CP. Điều đó cũng có nghĩa là trường đại học dân lập nơi anh làm việc là chủ thể phải nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định. Vì vậy, yêu cầu của cơ quan thuế là đúng quy định pháp luật.