Căn cứ Điều 25 Thông tư 111/2013/TT-BTC quy định như sau:

Khấu trừ thuế là việc tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện tính trừ số thuế phải nộp vào thu nhập của người nộp thuế trước khi trả thu nhập.

Chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân là giấy tờ, văn bản, do cơ quan có thẩm quyền quy định theo mẫu, được cấp cho các cá nhân được khấu trừ khoản thuế thu nhập cá nhân thể hiện khoản thuế đã được khấu trừ tương ứng.

Theo đó: Tổ chức, cá nhân trả các khoản thu nhập đã khấu trừ thuế phải cấp chứng từ khấu trừ thuế theo yêu cầu của cá nhân bị khấu trừ. Trường hợp cá nhân ủy quyền quyết toán thuế thì không cấp chứng từ khấu trừ. 

Cấp chứng từ khấu trừ trong một số trường hợp cụ thể như sau:

- Đối với cá nhân không ký hợp đồng lao động hoặc ký hợp đồng lao động dưới ba (03) tháng: cá nhân có quyền yêu cầu tổ chức, cá nhân trả thu nhập cấp chứng từ khấu trừ cho mỗi lần khấu trừ thuế hoặc cấp một chứng từ khấu trừ cho nhiều lần khấu trừ thuế trong một kỳ tính thuế.

Ví dụ 15: Ông Q ký hợp đồng dịch vụ với công ty X để chăm sóc cây cảnh tại khuôn viên của Công ty theo lịch một tháng một lần trong thời gian từ tháng 9/2013 đến tháng 4/2014. Thu nhập của ông Q được Công ty thanh toán theo từng tháng với số tiền là 03 triệu đồng. Như vậy, trường hợp này ông Q có thể yêu cầu Công ty cấp chứng từ khấu trừ theo từng tháng hoặc cấp một chứng từ phản ánh số thuế đã khấu trừ từ tháng 9 đến tháng 12/2013 và một chứng từ cho thời gian từ tháng 01 đến tháng 04/2014.

- Đối với cá nhân ký hợp đồng lao động từ ba (03) tháng trở lên: tổ chức, cá nhân trả thu nhập chỉ cấp cho cá nhân một chứng từ khấu trừ trong một kỳ tính thuế.

Ví dụ 16: Ông R ký hợp đồng lao động dài hạn (từ tháng 9/2013 đến tháng hết tháng 8/2014) với công ty Y. Trong trường hợp này, nếu ông R thuộc đối tượng phải quyết toán thuế trực tiếp với cơ quan thuế và có yêu cầu Công ty cấp chứng từ khấu trừ thì Công ty sẽ thực hiện cấp 01 chứng từ phản ánh số thuế đã khấu trừ từ tháng 9 đến hết tháng 12/2013 và 01 chứng từ cho thời gian từ tháng 01 đến hết tháng 8/2014.

Do đó, Công ty bạn không phải bắt buộc viết hết Chứng từ khấu trừ thuế TNCN cho toàn bộ Nhân viên không được Quyết toán thuế. Mà tùy vào nhân viên đó có yêu cầu cấp Chứng từ khấu trừ thuế TNCN.