Tại khoản 9 Điều 1 Luật số 71/2014/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của các luật về thuế quy định như sau:

“3. Doanh nghiệp có dự án đầu tư được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo quy định của pháp luật thuế TNDN tại thời điểm cấp phép hoặc cấp giấy chứng nhận đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư. Trường hợp pháp luật thuế TNDN có thay đổi mà doanh nghiệp đáp ứng điều kiện ưu đãi thuế theo quy định của pháp luật mới được sửa đổi, bổ sung thì doanh nghiệp được quyền lựa chọn hưởng ưu đãi về thuế suất và về thời gian miễn thuế, giảm thuế theo quy định của pháp luật tại thời điểm cấp phép hoặc theo quy định của pháp luật mới được sửa đổi, bổ sung cho thời gian còn lại.”

- Tại khoản 20 Điều 1 Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 12/02/2015 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung Khoản 2 Điều 20 của Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013) quy định chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của các Luật về thuế và sửa đổi, bổ sung một số điều của các Nghị định về thuế quy định:

“2. Doanh nghiệp có dự án đầu tư được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo quy định của pháp luật thuế TNDN tại thời điểm cấp phép hoặc cấp giấy chứng nhận đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư. Trường hợp pháp luật thuế TNDN có thay đổi mà doanh nghiệp đáp ứng điều kiện ưu đãi thuế theo quy định của pháp luật mới được sửa đổi, bổ sung thì doanh nghiệp được quyền lựa chọn hưởng ưu đãi về thuế suất và về thời gian miễn thuế, giảm thuế theo quy định của pháp luật tại thời điểm được phép đầu tư hoặc theo quy định của pháp luật mới được sửa đổi, bổ sung cho thời gian còn lại kể từ khi pháp luật thuế TNDN sửa đổi, bổ sung có hiệu lực thi hành...”

- Tại Điều 4 Thông tư số 21/2016/TT-BTC ngày 05/02/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn về ưu đãi thuế TNDN theo quy định tại Nghị định số 111/2015/NĐ-CP ngày 3/11/2015 của Chính phủ về phát triển công nghiệp hỗ trợ như sau:

“Điều 4. Ưu đãi thuế TNDN

Ưu đãi thuế TNDN được áp dụng đối với thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án sản xuất sản phẩm công nghiệp hỗ trợ từ ngày 01 tháng 01 năm 2015 đáp ứng các điều kiện quy định tại Luật số 71/2014/QH13 ngày 26 tháng 11 năm 2014 và các văn bản hướng dẫn thi hành, được cơ quan có thẩm quyền cấp Giấy xác nhận ưu đãi sản xuất sản phẩm công nghiệp hỗ trợ (gọi tắt là Giấy xác nhận ưu đãi).

Trình tự, thủ tục xác nhận ưu đãi và hậu kiểm ưu đãi đối với dự án sản xuất sản phẩm công nghiệp hỗ trợ thuộc Danh mục sản phẩm công nghiệp hỗ trợ ưu tiên phát triển thực hiện theo quy định tại Thông tư số 55/2015/TT-BCT ngày 30/12/2015 của Bộ Công thương.

Giấy xác nhận ưu đãi sản xuất sản phẩm công nghiệp hỗ trợ ưu tiên phát triển là cơ sở để áp dụng ưu đãi thuế TNDN. Về mức ưu đãi, thời điểm bắt đầu áp dụng ưu đãi, việc chuyển tiếp ưu đãi thực hiện theo quy định của pháp luật về thuế TNDN...”

Căn cứ các quy định nêu trên, pháp luật thuế TNDN đã quy định cụ thể các trường hợp được chuyển tiếp ưu đãi, không có quy định trường hợp chuyển tiếp ưu đãi đối với các dự án đã thực hiện trước 01/01/2015 thuộc lĩnh vực ưu đãi mới được bổ sung tại Luật số 71/2014/QH13 miễn thuế đối với thu nhập từ chế biến nông sản tại địa bàn khuyến khích đầu tư; ưu đãi cho dự án sản xuất sản phẩm công nghiệp hỗ trợ; dự án có quy mô đầu tư tối thiểu 12.000 tỷ đồng; ưu đãi cho thu nhập của doanh nghiệp trồng trọt, chăn nuôi, chế biến không thuộc địa bàn khuyến khích đầu tư. Do vậy, đối với các dự án đầu tư mở rộng thực hiện tại khu công nghiệp trong giai đoạn 2009 - 2013 thì không thuộc đối tượng được chuyển tiếp hưởng ưu đãi theo diện điều kiện sản xuất sản phẩm công nghiệp hỗ trợ cho thời gian còn lại.