Theo quy định của Nghị định số 26/2019/NĐ-CP thì cơ quan có thẩm quyền cấp phép nuôi trồng thủy sản trên biển cho tổ chức, cá nhân Việt Nam là: 
- Cơ quan quản lý nhà nước về thủy sản cấp tỉnh thực hiện cấp phép nuôi trồng thủy sản trên biển cho tổ chức, cá nhân Việt Nam trong phạm vi vùng biển tính từ đường mép nước biển thấp nhất trung bình trong nhiều năm đến 06 hải lý thuộc phạm vi quản lý;
- Tổng cục Thủy sản thực hiện cấp phép nuôi trồng thủy sản trên biển cho tổ chức, cá nhân Việt Nam trong khu vực biển ngoài 06 hải lý, khu vực biển giáp ranh giữa các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, khu vực biển nằm đồng thời trong và ngoài 06 hải lý.