Tại khoản 12 Điều 1 Luật số 32/2013/QH13 (sửa đổi, bổ sung Điều 18 Luật thuế TNDN năm 2008) quy định: “4. Trong cùng một thời gian, nếu doanh nghiệp được hưởng nhiều mức ưu đãi thuế khác nhau đối với cùng một khoản thu nhập thì doanh nghiệp được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi thuế có lợi nhất”.

Tại khoản 1, 2 Điều 18 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính quy định về điều kiện áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp:

“1. Các ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp chỉ áp dụng đối với doanh nghiệp thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ và nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo kê khai.

2. Trong thời gian đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp nếu doanh nghiệp thực hiện nhiều hoạt động sản xuất, kinh doanh thì doanh nghiệp phải tính riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (bao gồm mức thuế suất ưu đãi, mức miễn thuế, giảm thuế) và thu nhập từ hoạt động kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế để kê khai nộp thuế riêng”.

Tại khoản 1 Điều 6 Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 của Bộ Tài chính như sau:

“Điều 6. Sửa đổi, bổ sung một số nội dung tại Điều 8 Thông tư số 78/2014/TT-BTC (đã được sửa đổi, bổ sung tại Điều 4 Thông tư số 151/2014/TT-BTC) như sau:

1. Sửa đổi, bổ sung Khoản 1a Điều 8 Thông tư số 78/2014/TT-BTC như sau:

“Điều 8. Thu nhập được miễn thuế:

“…

a) Thu nhập từ trồng trọt (bao gồm cả sản phẩm rừng trồng), chăn nuôi, nuôi trồng, chế biến nông sản, thủy sản của hợp tác xã và của doanh nghiệp được ưu đãi thuế (bao gồm ưu đãi về thuế suất, miễn giảm thuế) quy định tại Thông tư này là thu nhập từ sản phẩm do doanh nghiệp, hợp tác xã tự trồng trọt, chăn nuôi, nuôi trồng và thu nhập từ chế biến nông sản, thủy sản (bao gồm cả trường hợp hợp tác xã, doanh nghiệp mua sản phẩm nông sản, thủy sản về chế biến).

Thu nhập của sản phẩm, hàng hóa chế biến từ nông sản, thủy sản được ưu đãi thuế (bao gồm ưu đãi về thuế suất, miễn giảm thuế) quy định tại Thông tư này phải đáp ứng đồng thời các điều kiện sau:

- Tỷ lệ giá trị nguyên vật liệu là nông sản, thủy sản trên chi phí sản xuất hàng hóa, sản phẩm (giá thành sản xuất hàng hóa, sản phẩm) từ 30% trở lên.

- Sản phẩm, hàng hóa từ chế biến nông sản, thủy sản không thuộc diện chịu thuế tiêu thụ đặc biệt, trừ trường hợp do Thủ tướng Chính phủ quyết định theo đề xuất của Bộ Tài chính.

Doanh nghiệp phải xác định riêng thu nhập sản phẩm, hàng hóa chế biến từ nông sản, thủy sản để được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp”.

Liên quan đến nội dung hướng dẫn ưu đãi thuế TNDN đối với doanh nghiệp có thu nhập từ chế biến nông sản, thủy sản nếu đáp ứng đồng thời các điều kiện ưu đãi, Bộ Tài chính đã ban hành công văn số 3091/BTC-TCT ngày 8/3/2017 gửi Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.

Căn cứ các quy định nêu trên, trường hợp doanh nghiệp có trụ sở chính và nhiều chi nhánh hạch toán phụ thuộc ở các địa bàn khác nhau. Nếu mỗi chi nhánh có mức ưu đãi thuế TNDN khác nhau thì doanh nghiệp phải tính riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (bao gồm mức thuế suất ưu đãi, mức miễn thuế, giảm thuế) và thu nhập từ hoạt động kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế của các Chi nhánh. Mỗi chi nhánh hạch toán phụ thuộc lựa chọn ưu đãi theo điều kiện của chi nhánh đáp ứng nhưng phải đảm bảo nguyên tắc: “Trong cùng một thời gian, nếu doanh nghiệp được hưởng nhiều mức ưu đãi thuế khác nhau đối với cùng một khoản thu nhập thì doanh nghiệp được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi thuế có lợi nhất”.

Doanh nghiệp phải xác định riêng thu nhập sản phẩm, hàng hóa chế biến từ nông sản, thủy sản theo quy định tại khoản 1 Điều 6 Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 của Bộ Tài chính để được hưởng ưu đãi thuế TNDN đối với thu nhập từ hoạt động chế biến nông sản, thuỷ sản.