Theo quy định tại Điều 51 Nghị định 38/2015/NĐ-CP thì chất thải trong hoạt động nông nghiệp được quản lý theo quy định sau:

- Các chất thải nguy hại là bao bì chứa hóa chất độc hại hoặc sản phẩm hóa chất độc hại sử dụng trong sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp phải được thu gom, lưu giữ, vận chuyển và xử lý theo quy định về quản lý chất thải nguy hại.

- Các bao bì chứa hóa chất bảo vệ thực vật sau sử dụng đã được làm sạch các thành phần nguy hại thì được quản lý như đối với chất thải thông thường.

- Nước thải chăn nuôi được tái sử dụng để tưới cây hoặc dùng trong các hoạt động sản xuất nông nghiệp khác theo quy định của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và Bộ Tài nguyên và Môi trường.