Tại Điều 1 Thông tư số 06/2017/TT-BTC ngày 20 tháng 01 năm 2017 của Bộ Tài chính quy định:

"1. Trường hợp người nộp thuế cung ứng hàng hóa, dịch vụ được thanh toán bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước nhưng chưa được thanh toán nên không nộp thuế đúng thời hạn dẫn đến nợ thuế thì không thực hiện cưỡng chế thuế và không phải nộp tiền chậm nộp tính trên sổ tiền thuế còn nợ nhưng không vượt quá so tiền ngân sách nhà nước chưa thanh toán phát sinh trong thời gian ngân sách nhà nước chưa thanh toán.”

- Tại Điều 14 Thông tư số 99/2016/TT-BTC ngày 29 tháng 06 năm 2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn về quản lý hoàn thuế GTGT khi “xác định số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ được bù trừ với số tiền thuế giá trị gia tăng được hoàn” quy định:

“1. Cơ quan thuế có trách nhiệm xác định số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và các khoản thu khác còn nợ ngân sách nhà nước (sau đây gọi là tiền thuế nợ) để thực hiện bù trừ với số tiền thuế giá trị gia tăng được hoàn của người nộp thuế.

2. Tiền thuế nợ của người nộp thuế phải bù trừ (không bao gồm tiền thuế nợ đang thực hiện thủ tục để xóa nợ, tiền thuế nợ được nộp dần theo quy định tại Điều 32, 39 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ quy định chi Tiết thi hành một số Điều của Luật Quản lý thuế và Luật sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật Quản lý thuế), bao gồm:

a) Tiền thuế nợ do ngành Thuế quản lý trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế;

b) Tiền thuế nợ (trừ tiền phí, tiền lệ phí hải quan) do cơ quan hải quan cung cấp theo Quy chế trao đổi thông tin và phối hợp công tác giữa cơ quan hải quan và cơ quan thuế;

c) Tiền thuế nợ Ngân sách nhà nước theo văn bản đề nghị của các cơ quan, tổ chức có thẩm quyền theo quy định của pháp luật.”