Tại Khoản 1 và Khoản 5 Điều 11 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ hướng dẫn thi hành Luật Thuế TNDN quy định:

“Điều 11. Phương pháp tính thuế

1. Số thuế TNDN phải nộp trong kỳ tính thuế bằng thu nhập tính thuế nhân (x) với thuế suất;

…

5. Đơn vị sự nghiệp, tổ chức khác không phải là doanh nghiệp thành lập và hoạt động theo quy định của pháp luật Việt Nam có hoạt động kinh doanh hàng hóa, dịch vụ có thu nhập chịu thuế TNDN mà các đơn vị này hạch toán được doanh thu nhưng không xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động kinh doanh thì kê khai nộp thuế TNDN tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ, cụ thể như sau:

a) Đối với dịch vụ (bao gồm cả lãi tiền gửi, lãi tiền cho vay): 5%. Riêng hoạt động giáo dục, y tế, biểu diễn nghệ thuật áp dụng mức thuế quy định tại Điểm c Khoản này;

b) Đối với kinh doanh hàng hóa là 1%;

c) Đối với hoạt động khác là 2%.”

- Tại điểm n Khoản 3 Điều 5 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 218/2013/NĐ-CP quy định như sau:

“n) Đối với hoạt động kinh doanh dưới hình thức hợp đồng hợp tác kinh doanh:

- Trường hợp các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh phân chia kết quả kinh doanh bằng doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ thì doanh thu tính thuế là doanh thu của từng bên được chia theo hợp đồng.

- Trường hợp các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh phân chia kết quả kinh doanh bằng sản phẩm thì doanh thu tính thuế là doanh thu của sản phẩm được chia cho từng bên theo hợp đồng.

- Trường hợp các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh phân chia kết quả kinh doanh bằng lợi nhuận trước thuế TNDN thì doanh thu để xác định thu nhập trước thuế là số tiền bán hàng hóa, dịch vụ theo hợp đồng. Các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh phải cử ra một bên làm đại diện có trách nhiệm xuất hóa đơn, ghi nhận doanh thu, chi phí, xác định lợi nhuận trước thuế TNDN chia cho từng bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh. Mỗi bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh tự thực hiện nghĩa vụ thuế TNDN của mình theo quy định hiện hành.

- Trường hợp các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh phân chia kết quả kinh doanh bằng lợi nhuận sau thuế TNDN thì doanh thu để xác định thu nhập chịu thuế là số tiền bán hàng hóa, dịch vụ theo hợp đồng. Các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh phải cử ra một bên làm đại diện có trách nhiệm xuất hóa đơn, ghi nhận doanh thu, chi phí và kê khai nộp thuế TNDN thay cho các bên còn lại tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh.”

- Tại Khoản 6 Điều 8 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính nêu trên quy định về thu nhập được miễn thuế như sau:

“6. Thu nhập được chia từ hoạt động góp vốn, mua cổ phần, liên doanh, liên kết kinh tế với doanh nghiệp trong nước, sau khi bên nhận góp vốn, phát hành cổ phiếu, liên doanh, liên kết đã nộp thuế TNDN theo quy định của Luật Thuế TNDN, kể cả trường hợp bên nhận góp vốn, phát hành cổ phiếu, bên liên doanh, liên kết được hưởng ưu đãi thuế TNDN.”

- Tại Khoản 2 Mục I, Khoản 6 Mục IV Thông tư số 15/2007/TT-BYT ngày 12/12/2007 của Bộ Y tế hướng dẫn thực hiện quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về việc sử dụng tài sản để liên doanh, liên kết hoặc góp vốn liên doanh để mua sắm trang thiết bị phục vụ hoạt động dịch vụ của các cơ sở y tế công lập quy định:

“2. Các hình thức sử dụng tài sản để liên doanh, liên kết hoặc góp vốn liên doanh giữa cơ sở y tế công lập và các tổ chức, cá nhân (sau đây gọi là đối tác) để mua sắm trang thiết bị phục vụ hoạt động dịch vụ thực hiện theo quy định của Thông tư này gồm:

a) Hình thức phía đối tác và cơ sở y tế sử dụng tài sản là trang thiết bị, nhà cửa, cơ sở hạ tầng để liên doanh, liên kết tổ chức các hoạt động dịch vụ, hạch toán riêng các chi phí và phân chia thu nhập theo tỷ lệ góp vốn, mức độ tham gia của các bên.

b) Hình thức cơ sở y tế công lập và phía đối tác liên doanh cùng góp vốn bằng tiền để mua sắm trang thiết bị phục vụ hoạt động dịch vụ.

c) Hình thức phía đối tác đầu tư lắp đặt trang thiết bị, cơ sở y tế công lập tổ chức hoạt động cung cấp dịch vụ, trả phía đối tác theo số lượng dịch vụ đã thực hiện (thuê thiết bị và trả chi phí thuê theo dịch vụ).”

“6. Cơ chế tài chính và phân chia thu nhập

a) Đối với hình thức quy định tại điểm a và điểm b mục 2 phần I của Thông tư này: Các đơn vị thỏa thuận với các bên đối tác để thống nhất đưa vào Đề án trên cơ sở đảm bảo các nguyên tắc sau:

- Căn cứ vào tỷ lệ góp vốn, tài sản, mức độ tham gia của các bên, đảm bảo thu hồi được các chi phí của các bên đã chi trong quá trình thực hiện hoạt động liên doanh liên kết.

- Phần được hưởng của các đơn vị công lập phải được thảo luận rộng rãi, dân chủ, công khai trong đơn vị và có ý kiến thống nhất của tổ chức công đoàn.

Hình thức phân chia: theo tỷ lệ tính trên doanh thu hoặc tính trên chênh lệch thu chi sau khi hoàn thành nghĩa vụ thuế với nhà nước;...”

- Căn cứ công văn số 5203/TCT-CS ngày 19/12/2018 của Tổng cục Thuế v/v chính sách thuế.

Căn cứ các quy định và hướng dẫn nêu trên, trường hợp các bên tham gia liên doanh, liên kết thống nhất cử bệnh viện làm đại diện xuất hóa đơn, ghi nhận doanh thu, chi phí, kê khai nộp thuế TNDN thay cho các bên còn lại và bệnh viện xác định được thu nhập của hoạt động liên doanh, liên kết thì bệnh viện tính thuế TNDN theo phương pháp kê khai quy định tại Khoản 1 Điều 11 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP của Chính phủ.

Phần TNDN được chia từ hoạt động liên doanh, liên kết sau khi bệnh viện đã nộp thuế TNDN theo quy định là thu nhập được miễn thuế TNDN theo quy định tại Khoản 6 Điều 8 Thông tư số 78/2014/TT-BTC của Bộ Tài chính nêu trên.