Theo quy định của Điều 71 Luật Bảo vệ môi trường năm 2014 thì việc bảo vệ môi trường trong nuôi trồng thủy sản được quy định như sau:

- Không được sử dụng thuốc thú y thủy sản, hóa chất đã hết hạn sử dụng hoặc ngoài danh mục cho phép trong nuôi trồng thủy sản.

- Thuốc thú y thủy sản, hóa chất dùng trong nuôi trồng thủy sản đã hết hạn sử dụng; bao bì đựng thuốc thú y thủy sản, hóa chất dùng trong nuôi trồng thủy sản sau khi sử dụng; bùn đất và thức ăn lắng đọng khi làm vệ sinh trong ao nuôi thủy sản phải được thu gom, xử lý theo quy định về quản lý chất thải.

- Khu nuôi trồng thủy sản tập trung phải phù hợp với quy hoạch và đáp ứng yêu cầu bảo vệ môi trường sau:

a) Chất thải phải được thu gom, xử lý theo quy định của pháp luật;

b) Phục hồi môi trường sau khi ngừng hoạt động nuôi trồng thủy sản;

c) Bảo đảm điều kiện vệ sinh môi trường, phòng ngừa dịch bệnh thủy sản; không được sử dụng hóa chất độc hại hoặc tích tụ độc hại.

- Không xây dựng khu nuôi trồng thủy sản tập trung trên bãi bồi đang hình thành vùng cửa sông ven biển.